Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTCTTATATGCTTGCTGAGgttagattcttttaaataacacgaacatattcattcagttgcattcaaacacaaattatattgatgttatattaatttggttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G27150.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G27150.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os07g47100.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GCACTCAACTGACCGAGAGGTTGCCCTTATGATGCTTATGGCGTATCTTTCTTATATGCTTGCTGAGgttagattc---ttttaaataacacgaacatattcattcagttgcattcaa-acacaaattatattgatgttatattaatttggttgcag---
||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||  |  ||   ||| |   |  |  || || | |||  |||| ||||  | |     ||| |||   |  | | ||  |||| |    |   
GCATTCTACTGACCGTGAGGTTGCCCTTATGATGCTCATGGCTTACCTTTCATATATGCTGGCTGAGgtgtgcctctgctttgatgcagtatcaaaatttgcatatagtttcattttatagtttgattttatc--tactttgtttgtttgatattggcag