Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCAAAATTATTGGGAATGTATTCAATAAAGgtataaccctttaagtattatttttgcttgctataattcttatggaaatattaactaggtggccattatttccggttacatcagtcgaaatgtatgttagtgtgcatgtgaaactgaattatttcaatcgttgtgtccaatggcgttctgagttttgtggtggtaatcttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02260.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G02260.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv07s0005g00770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
TCCAGCATTGCAGGGGAGACTTTGCAGGTCTTTGCTCCTTTAGCAAAATTATTGGGAATGTATTCAATAAAGgtataaccctttaagtattatttttgcttgctataattcttatggaaatattaactaggtggccattatttccggttacatcagtcgaaatgtatgttagtgtgcatgtgaaactgaattatttcaatcgttgtgtccaatggcgttctgagttttgtggtggtaatcttgcag
  |||||| |||   ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  | || ||||||  ||| |||||| |     | | |  |||||| |  ||    ||||| ||  | |  | ||| |   ||   ||   ||      || || |      |   || | |   | ||                                                                    
GTCAGCATCGCAACAGAGACGTTGCAGGTCTTTGCTCCTCTAGCAAAATTGCTAGGGATGTATCAAATTAAGgta-agtttgtgatggtttatttattttt----taatttttg-gcagttgttatcatcgtcatcagggttgagatctagataatctttcagtgatctcatgattca--------------------------------------------------------------------