Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagtttttattagtactaaattacgaatagttctagatttagttttgttttcatatgaatgttgttgacatgtatgaaatttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G01610.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G01610.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G108849_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 9
TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagtttt-----tattagtactaaattacgaat-agttctagatttagttttgttttcatatgaatgttgttgacatgtatgaaatttgcag
 |  |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||       ||  |||      ||   | | |||   | || |  ||||  ||     | |||  |  |  |  | |     ||| |||
CTTCTGGCAAATCAGTGGAATAGAGGCTGGGGCGATgtaagttcaaaaaataacagtgacgccttgaaacttagtatcatatct--ttttaattaatccttaataattctaccgggca-atgctttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164023016|gb|ES160214.1|ES160214
EST:     GTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: GTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125153730|gb|EL184733.1|EL184733
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAG
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAG
EST: gi|116481390|gb|EG523982.1|EG523982
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|116483179|gb|EG525771.1|EG525771
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|164131353|gb|ES010431.1|ES010431
EST:     GGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: GGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|124889859|gb|EH968761.1|EH968761
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGG
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGG
EST: gi|164113493|gb|ES161325.1|ES161325
EST:     GGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAC                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: GGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125188929|gb|EL203883.1|EL203883
EST:     TTGATGGCAAATTCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATA
genomic: TTGATGGCAAA-TCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATA
EST: gi|124834933|gb|EH919372.1|EH919372
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
EST: gi|124730141|gb|EH821543.1|EH821543
EST:     CAAATCAATGGAACAGAGGCT-GGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: CAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125211479|gb|EL226433.1|EL226433
EST:     ATGGCAAATCAATGGAACAGATGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: ATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|116483180|gb|EG525772.1|EG525772
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125043859|gb|EL116128.1|EL116128
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAA
EST: gi|86077484|gb|DR373241.1|DR373241
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|163965954|gb|ES064886.1|ES064886
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAA
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAA
EST: gi|124971005|gb|EL044801.1|EL044801
EST:     TTATTGGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
genomic: TTATTGGTTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAACTAATGAATGTGGAATTGAAGAT
EST: gi|125035407|gb|EL107676.1|EL107676
EST:     TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGAT                         GATGGTTATT-CATGATAAGGAGAGGAAC
genomic: TTGATGGCAAATCAATGGAACAGAGGCTGGGGTGATgtaagttttt ... aaatttgcagGATGGTTATTTCATGATAAGGAGAGGAAC