Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGACTACAATTGCTGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatcatttaagatctcaaaaaatgttttccattggagtaacaactattacatttgaagattgatcacatttgtttccattgcattag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G56310.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124923159|gb|EL001379.1|EL001379
EST:     CATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGATGACATACGAGGAGTATC
genomic: CATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGATGACATACGAGGAGTATC
EST: gi|163993551|gb|EL992032.1|EL992032
EST:     TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGG
genomic: TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGG
EST: gi|124984066|gb|EL056755.1|EL056755
EST:     TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGA
genomic: TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGA
EST: gi|125281475|gb|EL295560.1|EL295560
EST:     TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTT
genomic: TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTT
EST: gi|125252520|gb|EL266605.1|EL266605
EST:     TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGA
genomic: TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGA
EST: gi|116482858|gb|EG525450.1|EG525450
EST:     TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGATGACATACGAGGAGTATC
genomic: TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGATGACATACGAGGAGTATC
EST: gi|164111355|gb|ES117500.1|ES117500
EST:     TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGATGA
genomic: TGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatc ... attgcattagATCCGGATATGTTGGAAATAGGGAATGGAGGGATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGACTACAATTGCTGATTTGAATAACAAGTGGGCTGCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATGgtaaacaatcatttaagatctcaaaaaatgttttccattggagtaacaactattacatttgaagattgatcacatttgtttccattgcattag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG