Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtcctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G44200.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os05g36960.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtcctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaacta----agcctg---tatgctgg-tgaacag
||||||||||| || || |||||||| || || || ||  | |||||||||||||| || |||||||| ||||||||  | ||||  ||      | ||||  |      |  |  ||  | ||| ||   |  ||    |   |    || |||   |  | ||
GTTGTTGGAACACCGAATTACATGTGTCCAGAGCTTCTCACAGATATCCCTTATGGATTCAAGTCAGACATCTGGTCTCTTGgtaactgcctttttctcctcaggtcttctacaagttcatattactgcatatttatcttaatttaagttacgctttctatatag

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g64490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctg-tcctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag
||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || || ||||| || || |||||||| || |||||  | ||||  | |  || || || | || | |  || | || | ||   || |  |||| |   |  ||  |         
GTTGTGGGAACACCAAATTACATGTGCCCAGAGCTGCTTGCAGACATTCCTTACGGATTCAAGTCAGACATATGGTCTCTTGgta-atattcccttgctcatatggatatgtttaaatgtgtgaatttct--aactga-tatagatatttacag----

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G137118_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtat---gtgtaaccctgtcc-----tttgtaaagtttaagatttttgt-tattgtgaaactaagcctgtatgctgg--tgaacag----------------
|| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||  | |||||   || | |||  || |     |||    | | | |||| |||   ||    |  | | |   |  || |  |  | ||||                 
GTGGTCGGGACACCAAATTACATGTGCCCAGAGCTGCTAGCTGATATTCCCTATGGTTTCAAGTCAGACATCTGGTCTCTCGgtattacgttttacctggttcaattctttcagtaatgtgagatgtttacataactggtgatttattataaattcctgacttaacatgttttcatttgcttag

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA12G09910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtc--ctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag
|| || |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||| |||||  ||||||||| |        |   | | |||   ||     ||| ||| |  || | ||||       |     ||  |||
GTGGTAGGAACTCCTAATTACATGTGCCCTGAACTGCTTGCTGATATTCCATATGGATTCAAATCTGATATTTGGTCACTAGgtatgtatgttataaccaagtatctaatacttgcagatttggttttgctgcagctaaaatgaattttacttgttcag

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA13G38980.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtcctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag
|| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||| |||||  ||||||| |||   | | | |  || ||  | | | | || |  |  | ||   ||||       |  || ||  |||
GTGGTAGGAACTCCCAACTATATGTGTCCTGAACTGCTTGCTGATATTCCTTATGGATTCAAATCTGATATTTGGTCACTAGgtatatgt---cttatgcgatg-aatatctgatagttgttctgctatgg--ctaaaatgtatttttgttgttcag

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA11G18340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtc--ctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag
|| || |||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||| |||||  | ||||| | |        |   | | | | | ||     ||| | | |  || | ||||   |   |  |  ||  |||
GTGGTAGGAACTCCTAATTACATGTGTCCTGAACTGCTTGCTGATATTCCGTATGGATTCAAATCTGATATTTGGTCACTCGgtatatattctaaaaccaagtatctgatgattgcacatttggctttgctgcagctaaaattaatttttcttgttcag

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv06s0009g00690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccct-gtcctttgtaaagttta-agatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag
|| ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||  |||||||||||   | | ||   | || |  ||||  ||| |    |  | ||   ||||   | |    || ||| |||
GTAGTTGGAACTCCCAATTACATGTGTCCTGAACTTCTTGCAGATATTCCTTATGGCTTCAAATCTGATATCTGGTCTCTAGgtatgtgttttcatagtgtctggtgatatttatggatctgcagttgtttgtggctaaattt-tgcattgctgatcag

upper sequence: AT3G44200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: EFJ20709 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 9
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtcctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag
|| ||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||||   |     || |      ||| ||      ||  || |  |||   |  |     ||||| |       
GTGGTTGGGACCCCAAATTATATGTGCCCGGAACTTCTTGCCGACATCCCATATGGCTTCAAATCAGATATATGGTCGTTAGgtatgctgatgatggttcc-----aagcttgtcgcattgattttcttgatcttttg---aaatgctag-------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86062641|gb|DR358398.1|DR358398
EST:     ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAG                         GCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
genomic: ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaa ... tggtgaacagGCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
EST: gi|86062640|gb|DR358397.1|DR358397
EST:     ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAG                         GCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
genomic: ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaa ... tggtgaacagGCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
EST: gi|86062638|gb|DR358395.1|DR358395
EST:     ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAG                         GCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
genomic: ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaa ... tggtgaacagGCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
EST: gi|86062636|gb|DR358393.1|DR358393
EST:     ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAG                         GCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
genomic: ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaa ... tggtgaacagGCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
EST: gi|86062639|gb|DR358396.1|DR358396
EST:     ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAG                         GCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
genomic: ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaa ... tggtgaacagGCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
EST: gi|86062637|gb|DR358394.1|DR358394
EST:     ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAG                         GCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT
genomic: ACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaa ... tggtgaacagGCTGTTGTATATATGAGATGGCTGCGTATCGACCTGCTTTCAAAGCTTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGTTGGAACTCCAAACTACATGTGCCCGGAACTGCTTGCTGATATCCCTTATGGTTTTAAGTCAGATATCTGGTCCTTAGgtatgtgtaaccctgtcctttgtaaagtttaagatttttgttattgtgaaactaagcctgtatgctggtgaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT