Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCCACGCTTGGTCCGTATGCATTCGAATGATATGGAGgttagttgaagtttatttttctccttaagattccattatggtagctccgtggtggcaactatagtgccatgtgactggattctaaatttttattctattttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G45030.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G45030.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0021g02450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GTTCCACGCTTGGTCCGTATGCATTCGAATGATATGGAGgttagttgaagtttatttttctccttaagattccattatggtagctccgtggtggcaactatagtgccatgtgactggattctaaatttttattctattttcag
||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||   | ||       ||       |  ||| |||  |   |  |  |   |  | |    || || ||  | |  | |||    |  | |        
GTTCCTCGCTTGGTTCGGATGCATTCTAATGAGATGGAGgttagtttttgcttgacacattcacctcactagcat-atgcaaatgcaat--tattagttttttctccttgagagggtaggccaaacaaatcctttgggagtc-