1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCTAAAGGATGATGGCTCCAGCATGGGGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattcttttaatccttcattctctgtgtcactatcctagctcagtgggtttgatttccaagtatgtcttgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G20360.1 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116401379|gb|EG443971.1|EG443971
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|125129542|gb|EL173252.1|EL173252
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: CCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|124819019|gb|EH903885.1|EH903885
genomic: CCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: CGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTAGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTEST: gi|116401374|gb|EG443966.1|EG443966
genomic: CGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGT-GAATGGCCTCGGTATGTGAAGCT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116401371|gb|EG443963.1|EG443963
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116401378|gb|EG443970.1|EG443970
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: AATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116401372|gb|EG443964.1|EG443964
genomic: AATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116401376|gb|EG443968.1|EG443968
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116383740|gb|EG426332.1|EG426332
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116383739|gb|EG426331.1|EG426331
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116383744|gb|EG426336.1|EG426336
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGEST: gi|116387790|gb|EG430382.1|EG430382
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATG
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|116383737|gb|EG426329.1|EG426329
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGEST: gi|116401380|gb|EG443972.1|EG443972
genomic: GGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATG
EST: ATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|163976750|gb|ES185874.1|ES185874
genomic: ATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: GAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTTEST: gi|125294814|gb|EL308899.1|EL308899
genomic: GAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATATGATTCGTGAATGGCCTCGGTATGTGAAGCTT
EST: ATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTG GCAGAGATCATGTATGATA
genomic: ATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattctt ... tgtcttgcagGCAGAGATCATGTATGATA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCTAAAGGATGATGGCTCCAGCATGGGGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCACTCACGAGTTGgtaaattcttttaatccttcattctctgtgtcactatcctagctcagtgggtttgatttccaagtatgtcttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG