Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAAATGGTCAGCCTTGTTTTGATACAAAAGAGTTCGATCTAGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttagtctctctcaccctccctatttggtagtgatcttggtcctgatcaactactagaattttcttaggttcttgtgtcaagaagaaccaatgttgaatatcttgtttggttttgcttttgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G19660.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125001634|gb|EL073903.1|EL073903
EST:     CTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGG
genomic: CTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGG
EST: gi|86081874|gb|DR377633.1|DR377633
EST:     AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CCGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
genomic: AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
EST: gi|86080886|gb|DR376643.1|DR376643
EST:     AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
genomic: AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
EST: gi|86085098|gb|DR380857.1|DR380857
EST:     AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
genomic: AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
EST: gi|124813482|gb|EH898348.1|EH898348
EST:     AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CTGAGTGGAGAG
genomic: AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAG
EST: gi|152034732|gb|BP835572.2|BP835572
EST:     AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
genomic: AGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACGCAAATTAAGGA
EST: gi|125006684|gb|EL078953.1|EL078953
EST:     TTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCG                         CTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACG
genomic: TTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttag ... gcttttgtagCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCAAGTTTCAGGCAAAACG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCAAATGGTCAGCCTTGTTTTGATACAAAAGAGTTCGATCTAGTAAGGAACATGATGCAAGCTGTTGATGAAGAACGGTATGATGAAGCCGgtaagcttagtctctctcaccctccctatttggtagtgatcttggtcctgatcaactactagaattttcttaggttcttgtgtcaagaagaaccaatgttgaatatcttgtttggttttgcttttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC