Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgatttcattatcatttgattttcagaagtctgtgccagatgtatttattaaactgttttgtttggggtgggaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G66190.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g01850.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgattt-cattatcatttgattttcagaagtct-gtgccagatgtatttattaaactgttttgtttggggtgggaacag------
||| | |||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||||   |   |  |   | ||| | |||    |  | || |   |   | ||   |||  ||    || |   ||| |  ||| | |        
GAGCTCCTGAAGAAGGACCACACCTATGTGTACATGTGTGGACTGAAAGGCATGGAGAAGGGTATTGATGACATTATGGTGTCATTGGCTGCAAAAGATGgtatatatgcttctgaaccttacctttttgcatggataatttaagaatctgagtaattcttttgcatgctaaattttgcatggtatcgttgttag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G168143_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattga-tttcattatca--tttgattttcagaagtctgtgccagatgtatttattaaactgttttgtttggggtgggaacag---------
||| | |||||||| ||||||||||  || |||||||||||  | || || ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  ||||| |||| | | ||    ||||| | | |   || | || ||   |    ||   |  |   | |  |   ||| |||  |    ||    |           
GAGCTCCTGAAGAAGGACAACACCTACGTCTACATGTGTGGGTTGAAAGGCATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTGTCACTGGCTGAAAAAGACGgtatgcagataatctttcaatctgaacctttagttccaactgctcttgatggtggcgctgag-actttgtgttgcatatattgcttgcttaaatgtcag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G059191_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgatttcattatcatttgattttcagaagtctgtgccagatgtatttattaaactgttttgtttggggtggg-aacag--------------------------------
||| |||||||||| ||||||||||  || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||   ||||| || || || |||| |        |  || |  |   ||   |  |  ||          ||| ||  | |   |||||   ||   || ||  |||                                  
GAGCTGCTGAAGAAGGACAACACCTACGTCTACATGTGCGGGCTCAAGGGCATGGAGAAGGGCATCGACGACATCATGCTCAACCTTGCAGCCAAGGACGgtacgtcgtgcagtgccagtgcc---tggcctatactagctaaacattcatgcatgcaatgt-ctgttccattcccggcggctaactaaccaccaccgacgaccttaattattcgatcag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G059083_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaag------gacattgat-------ttcattatcat--ttgattttcagaagt--ctg--tgccagatgta-tttattaaactgttttgtttggggtgggaacag-------------------
||| |||| ||||| ||||||||||  || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||   || || || || || ||||||      | ||| | |       ||| || |  |  | ||| |  | ||||  ||   |  |  | |||   | |    |||  ||| || || |   | ||                    
GAGCTGCTCAAGAAGGACAACACCTACGTCTACATGTGCGGGCTCAAGGGCATGGAGAAGGGCATCGACGACATCATGCTCGACCTCGCAGCCAAGGACGgtaagctgtctgtcatcgctcttgtccttcgtttttgtgctcgatatgaacaagtagctagctaactaacgtaacctttcttgctgcattggtttggttatcatcatcatcatcatcatccgtcag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G059083_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgatttcattatcatt-tgattttcagaagtctgtgccag-atgtatttattaaact---gttttgtttggggtgggaacag--------
||| |||| ||||| ||||||||||  || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||   || || || || || ||||||     ||   ||  | |  |  |   |||  |   ||  |   |  | |||  ||   ||||   ||    |||   |  | |   |        
GAGCTGCTCAAGAAGGACAACACCTACGTCTACATGTGCGGGCTCAAGGGCATGGAGAAGGGCATCGACGACATCATGCTCGACCTCGCAGCCAAGGACGgtaagctgtctgtcatcgctcttgtccttcgtttttgtgctcgatatgaacaagtagctagctaactaacgtaacctttcttgctgcattggtttggtta

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G059083_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaag--gacattgatttca-ttatcatttgattttcaga---agtctgtgccagatgt--atttattaaactgttttgtttggggtgggaacag----------------------------------
||| |||| ||||| ||||||||||  || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||   || || || || || ||||||  | |  | || ||  || || || | ||||       | | ||  | ||  |   |  | |    |||  ||| || || |    |||                                   
GAGCTGCTCAAGAAGGACAACACCTACGTCTACATGTGCGGGCTCAAGGGCATGGAGAAGGGCATCGACGACATCATGCTCGACCTCGCAGCCAAGGACGgtaagttgtctgtcatctcgcttgtccttcgttttttgcgctcaatatgaacaagtagctaacctttcttgctgcattggtttggttaatcacacacatatatactactcacgcatcatcatccgtcag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA16G23710.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaagg-acattgatttcattatca-----------------tttgattttcagaagtc-tgtgccagatgtatttattaaac-tgttttgt-ttggggtgggaacag---
|| || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||||||  |  ||  |||  |  |||                 |||  | ||   |  || | ||     |   || | |||   | | |||| ||    || | ||     
GAATTACTGAAGAAGGATAACACTTTTGTGTACATGTGTGGACTAAAAGGAATGGAAAAGGGTATTGATGACATTATGGTGTCATTGGCTGCCAAAGATGgtaagacattttccttttttcttcacacttgaggggaaacctttttgtcttggtacatcatttggagagtaacttcactaactatatcttgtgtttcattgtgtactatag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA11G08230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggaca-ttgatttcattatcatttgattttcagaagtctgtgccagatgtatttattaaactgttttgtttggggtgggaacag---------------
|| || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||   || || | || |    || || |  |    || |   |  || |   | |||| |         ||     ||   |                   
GAATTACTGAAGAAAGATAACACTTTTGTCTATATGTGTGGACTGAAGGGAATGGAAAAGGGTATAGATGACATAATGGTTTCATTGGCTGCAAAAGATGgtaatatcacttaactttagggccactttagat---aaatttcctctcacaaacacttataagggaagcaagtaataagttaaagtgaattgaatttttccca

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA02G05350.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaagg-acattgatttcattatcatttgattttcagaagtctgt-gccagatgt--atttattaaactgttttgtttgggg---tgggaacag--------
|| || |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||   |  ||  |||| | |  |  |  ||||      | | |   || ||||  ||||  | |    | ||| |||| |   | | | | |        
GAATTACTGAAGAAGGATAACACTTTTGTGTACATGTGTGGACTAAAAGGAATGGAAAAGGGAATTGATGACATTATGGTGTCATTGGCTGCCAAAGATGgtaatacattttcctttcttcacaacct--tttttgtctttttatcaacaaatgttaattttgttagaaatgttggttggagaattcgaatccgcaacctct

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv18s0001g14450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgatttcattatca--tttgattttcagaagtctgtgccagatgtatttattaa-actgttttgtttggggtgggaa-cag
||||| || || || || || |||| ||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||  | ||||||| |||||||||  | ||  ||   |   |    | |||||||    | |   |  |  ||   |||   |   || | || ||     |||    |||
GAGTTACTTAAAAAGGATAATACCTATGTGTATATGTGTGGGCTGAAGGGAATGGAGAAGGGAATTGATGACATAATGGTGTCTTTGGCTGCTAGAGATGgtaaatatatccatgcaaaagttgattctgatttttctgaataaattactaatcattttgcaactgctctcttcttcttcctggttttcag

upper sequence: AT5G66190.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0023g03510.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgatttcattatcatttgattttcagaagtctgtgccagatgtattta---ttaaactgttttgtttggggtgggaacag
|| || ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||||| |||||||||| | ||  | |  |||   |||||||| |   |  |   ||    |||  |  |   |||   |   | ||||   |         
GAATTACTGAAGAAAGACAACACCTATGTCTATATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAGGGAATTGATGACATAATGGTGTCACTGGCTGCTAGAGATGgtaagaaaataaactcgattgagatttgattct-gaatttggatgtataatgactccaaccttatgtttcctggttttcag---------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125184405|gb|EL199359.1|EL199359
EST:     ATGGTAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
genomic: ATGG-AGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
EST: gi|124927480|gb|EL005215.1|EL005215
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAA
EST: gi|125244412|gb|EL258497.1|EL258497
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAG
EST: gi|125029189|gb|EL101458.1|EL101458
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTA
EST: gi|124928609|gb|EL006240.1|EL006240
EST:     TGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTA
genomic: TGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTA
EST: gi|125304610|gb|EL318695.1|EL318695
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTAC
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTAC
EST: gi|124858821|gb|EH943258.1|EH943258
EST:     ACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: ACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125219565|gb|EL233650.1|EL233650
EST:     CTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAG
genomic: CTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAG
EST: gi|163996858|gb|ES155885.1|ES155885
EST:     TATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGC
genomic: TATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGC
EST: gi|125249070|gb|EL263155.1|EL263155
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGT
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGT
EST: gi|116449934|gb|EG492526.1|EG492526
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125034937|gb|EL107206.1|EL107206
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125027770|gb|EL100039.1|EL100039
EST:     ATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: ATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125023120|gb|EL095389.1|EL095389
EST:     AGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGGGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: AGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125035907|gb|EL108176.1|EL108176
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGA
EST: gi|125193055|gb|EL208009.1|EL208009
EST:     TCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125235992|gb|EL250077.1|EL250077
EST:     TGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGG
genomic: TGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGG
EST: gi|125261758|gb|EL275843.1|EL275843
EST:     ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGTTGCTAAAGAATG                         GGATCGATTGG
genomic: ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGA-TGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGG
EST: gi|125049265|gb|EL121534.1|EL121534
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAG
EST: gi|124986401|gb|EL058925.1|EL058925
EST:     ATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: ATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125023479|gb|EL095748.1|EL095748
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAG
EST: gi|124920457|gb|EH994170.1|EH994170
EST:     TTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|116476204|gb|EG518796.1|EG518796
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125035912|gb|EL108181.1|EL108181
EST:     TCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGTATTTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTG
genomic: TCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCG-A-TTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTG
EST: gi|116449935|gb|EG492527.1|EG492527
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124734722|gb|EH826124.1|EH826124
EST:     TGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAAGGAGTGAACAGTGG
genomic: TGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGA-GGAGTGAACAGTGG
EST: gi|124956114|gb|EL031069.1|EL031069
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGG
EST: gi|125116568|gb|EL166065.1|EL166065
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAG
EST: gi|116476951|gb|EG519543.1|EG519543
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124709500|gb|EH800902.1|EH800902
EST:     TCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124960936|gb|EL035564.1|EL035564
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGG
EST: gi|125270676|gb|EL284761.1|EL284761
EST:     ATGGNGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAA
genomic: ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGC-TAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAA
EST: gi|125034278|gb|EL106547.1|EL106547
EST:     AGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: AGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|116446281|gb|EG488873.1|EG488873
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124765177|gb|EH855307.1|EH855307
EST:     ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGAATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
genomic: ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGA-TGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
EST: gi|125283573|gb|EL297658.1|EL297658
EST:     ATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: ATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125224604|gb|EL238689.1|EL238689
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTG
EST: gi|124705676|gb|EH797078.1|EH797078
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAG
EST: gi|124892145|gb|EH971047.1|EH971047
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTA
EST: gi|125239452|gb|EL253537.1|EL253537
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATT
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATT
EST: gi|124914545|gb|EH988419.1|EH988419
EST:     ACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: ACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124791806|gb|EH881485.1|EH881485
EST:     GGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAG
genomic: GGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAG
EST: gi|47828632|gb|CK118316.1|CK118316
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124947449|gb|EL023287.1|EL023287
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTAGGTTAGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGT
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATT-GGTT-GGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGT
EST: gi|125050989|gb|EL123258.1|EL123258
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTG
EST: gi|125221995|gb|EL236080.1|EL236080
EST:     TGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124860715|gb|EH945152.1|EH945152
EST:     CTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: CTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|124912151|gb|EH986231.1|EH986231
EST:     ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGACTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACA
genomic: ATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTG-CTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACA
EST: gi|124990431|gb|EL062700.1|EL062700
EST:     GAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: GAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125101844|gb|EL156833.1|EL156833
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAAC
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGA-GTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAAC
EST: gi|125145756|gb|EL180953.1|EL180953
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGA
EST: gi|125035135|gb|EL107404.1|EL107404
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
EST: gi|124745510|gb|EH836322.1|EH836322
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAG
EST: gi|125245119|gb|EL259204.1|EL259204
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGG
EST: gi|124706277|gb|EH797679.1|EH797679
EST:     ATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: ATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125238574|gb|EL252659.1|EL252659
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAG
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAG
EST: gi|124796690|gb|EH886369.1|EH886369
EST:     ATGGAGAAGGGTTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTA
genomic: ATGGAGAAGGG-TATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTA
EST: gi|125039845|gb|EL112114.1|EL112114
EST:     CTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: CTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125095460|gb|EL152586.1|EL152586
EST:     ATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGTATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGG
genomic: ATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAG-ATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGG
EST: gi|124760462|gb|EH850592.1|EH850592
EST:     TCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|116446902|gb|EG489494.1|EG489494
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
EST: gi|125300833|gb|EL314918.1|EL314918
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAAC
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAAC
EST: gi|86085143|gb|DR380902.1|DR380902
EST:     TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATG                         GGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA
genomic: TATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacat ... gtgggaacagGGATCGATTGGTTGGAGTACAAGAAGCAATTGAAGAGGAGTGAACAGTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTTGCTGAAGAAAGACAACACCTTTGTTTACATGTGTGGTCTTAAGGGTATGGAGAAGGGTATCGATGACATTATGGTCTCGCTTGCTGCTAAAGATGgtaaggacattgatttcattatcatttgattttcagaagtctgtgccagatgtatttattaaactgttttgtttggggtgggaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG