1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TTACTTGAATCCGGAGCCTCGCACATTGCTAGCAGAGTTAAACAAAAGGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATGgtatggtatatgattgtaatggattataaaaacaagtagttcggtttcatgattgcattttttgtgttatgattattag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G12790.4 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATG GTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATACCCATTAACTTGAGGAAAGAAEST: gi|86085798|gb|DR381557.1|DR381557
genomic: ATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATGgtatggtata ... tgattattagGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATACCCATTAACTTGAGGAAAGAA
EST: AAAGGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATG GTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATACCCATTAACTTGAGGAAAGAAEST: gi|301501514|gb|HO207054.1|HO207054
genomic: AAAGGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATGgtatggtata ... tgattattagGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATACCCATTAACTTGAGGAAAGAA
EST: AAAGGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATG GTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATA
genomic: AAAGGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATGgtatggtata ... tgattattagGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTACTTGAATCCGGAGCCTCGCACATTGCTAGCAGAGTTAAACAAAAGGATGGGTCCTCAATATGCAAAACTAAACAAAGCCTTGATTGAGATGgtatggtatatgattgtaatggattataaaaacaagtagttcggtttcatgattgcattttttgtgttatgattattag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG