Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAACAATTAAAGCTGAGAATGATTTAGATGTTGCTGCAGCACAAGAAGCTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagtatattcactgcgtgatttaatttattgtaccattttttttgtcttcatatggtgtatttatttctctttttacactgttttgtgcttgatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G55610.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124776878|gb|EH866821.1|EH866821
EST:     CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAG                         ATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGTCGAAATGGAAGATCC
genomic: CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagt ... tgcttgatagATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCC
EST: gi|86042495|gb|DR338250.1|DR338250
EST:     CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAG                         ATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
genomic: CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagt ... tgcttgatagATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
EST: gi|86042492|gb|DR338247.1|DR338247
EST:     CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAG                         ATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
genomic: CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagt ... tgcttgatagATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
EST: gi|86042493|gb|DR338248.1|DR338248
EST:     CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAG                         ATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGG-AGATCCA
genomic: CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagt ... tgcttgatagATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
EST: gi|86064873|gb|DR360630.1|DR360630
EST:     CTGGATATGAAGAGTNTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAG                         ATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
genomic: CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagt ... tgcttgatagATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
EST: gi|86042496|gb|DR338251.1|DR338251
EST:     CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAG                         ATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA
genomic: CTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagt ... tgcttgatagATCTCAAGCCTTGCAGCTTCCGTTCGCCAGCTAGCCGAAATGGAAGATCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAAACAATTAAAGCTGAGAATGATTTAGATGTTGCTGCAGCACAAGAAGCTGGATATGAAGAGTCTTTGGTAGCTCGCTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGgtaagacagtatattcactgcgtgatttaatttattgtaccattttttttgtcttcatatggtgtatttatttctctttttacactgttttgtgcttgatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC