Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGCTCCAAATATGGGAATTGAGTCTTGGGACTGGAACATGACAGGGGAAAAATCTACTTACCATGCTCTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGgtataatattcgacctaaatgtctctaatcatgtttactacagattaatttactgcaaagtcttgatgtatattaaggttatgaaaatgtttttacttgatgaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G33700.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G33700.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G104833_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CAAGCTCCAAATATGGGAATTGAGTCTTGGGACTGGAACATGACAGGGGAAAAATCTACTTACCATGCTCTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGgtataatattcgacctaaatgtctctaatcatgtttactacagattaatttactgcaaagtcttgatgtatattaaggttatgaaaatgtttttacttgatgaacag
  |  |   | |   |||||||  || ||||||||||| ||||  ||  || |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||||||||           | || ||  |||   |  ||  ||   | ||||  |    |   ||||   | |  |||  | || | |                       
GGAAGTGACATTTCAGGAATTGGATCCTGGGACTGGAATATGAGTGGACAACAATCTACTTACCATGCCCTTTACCCTAGGGCTTGGACAGTATATGATGgtat-----------tgaaagtaactacaga-attctcttttggttaacatctacctttgtctcattttggattgtgcttgttag----------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19876353|gb|AU237184.1|AU237184
EST:     AAAATCTACTTACCATGCTCTTTATCCGAGGTCTTGGACCGNCTATGATG                         GNGAACCTGACCCTGAACTCA
genomic: AAAATCTACTTACCATGCTCTTTATCCGAGGTCTTGGACCGTCTATGATGgtataatatt ... tgatgaacagGTGAACCTGACCCTGAACTCA