Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGAATTGGAGGGTCTTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccacaacattcaactttttttgcgtttctcaaatgtaaatacctaaaaaaagaactctttctgataccttttgttcttgttgtttttgtatatcgtctatgacaatattag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G17770.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47828476|gb|CK118160.1|CK118160
EST:     TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATG
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATG
EST: gi|86082325|gb|DR378084.1|DR378084
EST:     TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATT
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATT
EST: gi|163999023|gb|EL975226.1|EL975226
EST:     CCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTT-GAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGT
genomic: CCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGT
EST: gi|164061039|gb|ES070852.1|ES070852
EST:     CAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATC
genomic: CAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATC
EST: gi|125301329|gb|EL315414.1|EL315414
EST:     TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCTGGAAGTAT
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTAT
EST: gi|124764010|gb|EH854140.1|EH854140
EST:     TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGG
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGG
EST: gi|86066425|gb|DR362182.1|DR362182
EST:     TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCCGGA-GTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGAT
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCC-GGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGAT
EST: gi|125196020|gb|EL210974.1|EL210974
EST:     CTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATT
genomic: CTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATT
EST: gi|86082753|gb|DR378512.1|DR378512
EST:     TTACTACCAATTACCNTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATT
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCAAAGGAAATGATT
EST: gi|164053715|gb|ES142915.1|ES142915
EST:     TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAG                         CCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTG
genomic: TTACTACCAATTACCCTGAACAATTTAAAATCTTCTATGTTTTGAACCAGgttagccaca ... acaatattagCCTCCGGAAGTATGGGATGGTGGTG