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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttctttgcacatgttgcagtttattttcctttgcttcagaatcaaggagcttaaaactaacattgctgctttgacgttgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G03880.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125189120|gb|EL204074.1|EL204074
EST:     AGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: AGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
EST: gi|116475228|gb|EG517820.1|EG517820
EST:     GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
EST: gi|124796837|gb|EH886516.1|EH886516
EST:     TCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: TCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
EST: gi|124884084|gb|EH962986.1|EH962986
EST:     GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAG
genomic: GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAG
EST: gi|116475229|gb|EG517821.1|EG517821
EST:     GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
EST: gi|124890331|gb|EH969233.1|EH969233
EST:     TCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: TCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
EST: gi|86080278|gb|DR376035.1|DR376035
EST:     GAGATGGAAAAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
EST: gi|125165647|gb|EL191837.1|EL191837
EST:     GAGANGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGG
genomic: GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGG
EST: gi|116483992|gb|EG526584.1|EG526584
EST:     GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACG                         GCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG
genomic: GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttct ... gacgttgtagGCTATAACAGCAGGCTTTGCAATGATTGGTCGTATGGGAAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAGATGGAACAGTTCCTTTAAGTCTGTCACTTGGTGCTTTAACGgtcagtttctttgcacatgttgcagtttattttcctttgcttcagaatcaaggagcttaaaactaacattgctgctttgacgttgtag

- GATGGA