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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTTGGATCGATGAAGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctcttgtcagaagattatttattacagtcttctctacaatccagttgaaattttcatgatatattcgccatttgaaagtgatacatgggtctgaa...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G20325.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116459192|gb|EG501784.1|EG501784
EST:     AGTTCTATCGGCGTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411163|gb|EG453755.1|EG453755
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116459202|gb|EG501794.1|EG501794
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411162|gb|EG453754.1|EG453754
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411166|gb|EG453758.1|EG453758
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411159|gb|EG453751.1|EG453751
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411171|gb|EG453763.1|EG453763
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAGAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411176|gb|EG453768.1|EG453768
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116459198|gb|EG501790.1|EG501790
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116459190|gb|EG501782.1|EG501782
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAACTATGCAGC
EST: gi|116411173|gb|EG453765.1|EG453765
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAAC
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCTCTACCGGAATTGGACAAAAAC
EST: gi|116411164|gb|EG453756.1|EG453756
EST:     AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAG                         ATCTACTGTTTAAAGAATTCTTCTACCGGAATTGGACTAAAAACTATGCAG
genomic: AGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctctt ... atgaacgcagATCTACTGTTTAAAGAATTCT-CTACCGGAATTGGAC-AAAAACTATGCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGGTTGGATCGATGAAGTTCTATCGGCTTGATAACTCGAAAGTCTTAGCTTGGTTAAGTTGTAAGgtatgctcttgtcagaagattatttattacagtcttctctacaatccagttgaaattttcatgatatattcgccatttgaaagtgatacatgggtctgaa

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