Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCCCGAGTTAGTGGAATACATTGGAATGAAGAACTTAATCAATGCTGTTAGAGATGGTGTTGGACTTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGGgtaagttgggtcaaggaacttgattaggtttctatgagttgacatggcattataaaagacttaccaatatatctgtatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G18810.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86064609|gb|DR360366.1|DR360366
EST:     TTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGG                         ATAACACGTTTAAGGATCTACCTTGGGGAGCATTGGATGATGTTGTAATGG
genomic: TTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGGgtaagttggg ... atctgtatagATAACACGTTTAAGGATCTACCTTGGGGAGCATTGGATGATGTTGTAATGG
EST: gi|86064608|gb|DR360365.1|DR360365
EST:     TTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGG                         ATAACACGTTTAAGGATCTACCTTGGGGAGCATTGGATGATGTTGTAATGG
genomic: TTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGGgtaagttggg ... atctgtatagATAACACGTTTAAGGATCTACCTTGGGGAGCATTGGATGATGTTGTAATGG
EST: gi|125262664|gb|EL276749.1|EL276749
EST:     TAGAGATGGTGTTGGACTTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGG                         ATAACACGTTTAAGGATCTACCTTGGGGAGCATTGGATGATGTTGTAATGG
genomic: TAGAGATGGTGTTGGACTTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGGgtaagttggg ... atctgtatagATAACACGTTTAAGGATCTACCTTGGGGAGCATTGGATGATGTTGTAATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTCCCGAGTTAGTGGAATACATTGGAATGAAGAACTTAATCAATGCTGTTAGAGATGGTGTTGGACTTGAGAATGGGAAGCTTATTTTTGGTGTCGGGGgtaagttgggtcaaggaacttgattaggtttctatgagttgacatggcattataaaagacttaccaatatatctgtatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG