Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACACGATGAGCTGAGGAAATGGCTGGCCAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagatgataacacgatctttaattaaacacccctatatagttttctatgttacttagcttgattatgcaaattattatcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G55440.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124716625|gb|EH808027.1|EH808027
EST:     AACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCGATGGTGGTAACTGCAAG
genomic: AACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAG
EST: gi|116434595|gb|EG477187.1|EG477187
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|116434695|gb|EG477287.1|EG477287
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGT
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGT
EST: gi|86079485|gb|DR375242.1|DR375242
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|124965122|gb|EL039333.1|EL039333
EST:     ATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTAGGACAGGCCGATGTT
genomic: ATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGT-GGACAGGCCGATGTT
EST: gi|116470932|gb|EG513524.1|EG513524
EST:     CAAGAACGTGGGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116434684|gb|EG477276.1|EG477276
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|124907786|gb|EH981866.1|EH981866
EST:     CAAGAACGTGAGTGCCGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAAT
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAAT
EST: gi|125313995|gb|EL328080.1|EL328080
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGG
EST: gi|86078618|gb|DR374375.1|DR374375
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGA--GGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|125199581|gb|EL214535.1|EL214535
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGG
EST: gi|116434506|gb|EG477098.1|EG477098
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GGTCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|116434673|gb|EG477265.1|EG477265
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTGCAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|116443935|gb|EG486527.1|EG486527
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116434661|gb|EG477253.1|EG477253
EST:     AAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTGCAACCCGCATCATTTATGGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: AAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGG-AGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|124844279|gb|EH928716.1|EH928716
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGC
EST: gi|125291203|gb|EL305288.1|EL305288
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGC
EST: gi|124916439|gb|EH990313.1|EH990313
EST:     TCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: TCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|164182353|gb|ES108296.1|ES108296
EST:     AGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: AGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116434628|gb|EG477220.1|EG477220
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|164175016|gb|EL985957.1|EL985957
EST:     TGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: TGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116443947|gb|EG486539.1|EG486539
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|124722617|gb|EH814019.1|EH814019
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGG
EST: gi|124920120|gb|EH993858.1|EH993858
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGG
EST: gi|116443934|gb|EG486526.1|EG486526
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|164213070|gb|ES170275.1|ES170275
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGA
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGA
EST: gi|116434739|gb|EG477331.1|EG477331
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTATGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|116434539|gb|EG477131.1|EG477131
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTATGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|86081436|gb|DR377193.1|DR377193
EST:     GAGTTCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: GAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116470943|gb|EG513535.1|EG513535
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116483114|gb|EG525706.1|EG525706
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116470942|gb|EG513534.1|EG513534
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116434639|gb|EG477231.1|EG477231
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|116434584|gb|EG477176.1|EG477176
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|116434617|gb|EG477209.1|EG477209
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|125220483|gb|EL234568.1|EL234568
EST:     ATGTCGCTGCTACAACCC-CATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: ATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|124863103|gb|EH947540.1|EH947540
EST:     ATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: ATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116434495|gb|EG477087.1|EG477087
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCGTTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|124994414|gb|EL066683.1|EL066683
EST:     CTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|125209029|gb|EL223983.1|EL223983
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGG
EST: gi|125295395|gb|EL309480.1|EL309480
EST:     AACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGAT
genomic: AACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGAT
EST: gi|125220850|gb|EL234935.1|EL234935
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAG
EST: gi|116470931|gb|EG513523.1|EG513523
EST:     CAAGAACGTGGGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCCGATGTTG
EST: gi|116434717|gb|EG477309.1|EG477309
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTATGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
EST: gi|125039416|gb|EL111685.1|EL111685
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGG
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGG
EST: gi|116434650|gb|EG477242.1|EG477242
EST:     CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAG                         GATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC
genomic: CAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagat ... ttattatcagGATCCGTCAATGGTGGTAACTGCAAGGAGCTAGGTGGACAGGCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTACACGATGAGCTGAGGAAATGGCTGGCCAAGAACGTGAGTGCTGATGTCGCTGCTACAACCCGCATCATTTATGGAGgtagatagatgataacacgatctttaattaaacacccctatatagttttctatgttacttagcttgattatgcaaattattatcag

- - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT