Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTGTGATATTGAAGATGATGGTTTGTTCAGTTTTGATGTGCACAGCGATGGGGATGGTCGAAGgtatttgattcacatttcagttttttggcctcttaagatccatcttctcatttctttccctcaagaacccacagtaagagtctgtttttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G62640.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124884344|gb|EH963246.1|EH963246
EST:     GATGATGGTTTGTTCAGTTTTGATGTGCACAGCGATGGGGATGGTCGAAG                         ACATTTGAATGCTTCTGTTAAAGAATCCCAAAACGATGGTGA
genomic: GATGATGGTTTGTTCAGTTTTGATGTGCACAGCGATGGGGATGGTCGAAGgtatttgatt ... gtttttgcagACATTTGAATGCTTCTGTTAAAGAATCCCAAAACGATGGTGA
EST: gi|116483552|gb|EG526144.1|EG526144
EST:     GATGATGGTTTGTTCAGTTTTGATGTGCACAGCGATGGGGATGGTCGAAG                         ACATTTGAATGCTTCTGTTAAAGAATCCCAAAACGATGGTGAATCAAGCTC
genomic: GATGATGGTTTGTTCAGTTTTGATGTGCACAGCGATGGGGATGGTCGAAGgtatttgatt ... gtttttgcagACATTTGAATGCTTCTGTTAAAGAATCCCAAAACGATGGTGAATCAAGCTC