Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaacactgattggcgttgttctttataacacatatatatagcttttcctgacaaattcaaaaaggttttgctatttatgtttgctggtgacaactggttctaaagtttgagttactgttatacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G11910.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G11910.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA07G39240.2 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaacactgattggcgttgttctttataacacatatatatagcttttc-ctgacaaattcaa-aaaggttttgctatttatgtttgctggtgacaactggttctaaagtttgagttactgttatacag
||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |  |    || ||     |    ||      |   |||      ||  || ||  ||    ||| |  |    |||| | |||  | |     |||| |   |  || |   | |           
TTTGATATGGGAGATGTACTTATTGGCGGTAAACCCACTGgtatgtagagaatgtgttagcagaaatgccaatttgttcttcctatgatgcatcattggcattttttgtaaatgggtcagaatttttatttatttggactgactgatgtaattgtcta--tcag----------

upper sequence: AT1G11910.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA17G01500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaacactgattggc-gttgttctttataacacatatatatagcttttc-ctgacaaattcaaaaaggttttgctatttatgtttgctggtgacaactggttctaaagtttgagttactgttatacag
||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |  |    || || |   ||  | ||      |   |||      ||  || ||  ||   ||| |  |     |||   |||  | |     ||  | ||||   ||||  |  | |        
TTTGATATGGGAGATGTACTTATTGGCGGTAAACCCACTGgtatgtagagaatgtgttagcagaaattgataatttgttcttcctatgatgcatcattggcatttttgtaaatgggtcagagttttaatttatttggactgacctgatcta---tttgtctatcag--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47832120|gb|CK121804.1|CK121804
EST:     GGCAGTTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: GGCAGTTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|125273776|gb|EL287861.1|EL287861
EST:     TACTGGCAGTTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATC
genomic: TACTGGCAGTTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGG-TGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATC
EST: gi|125263241|gb|EL277326.1|EL277326
EST:     CGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: CGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|164082997|gb|ES151298.1|ES151298
EST:     TTTGACATGGGTGATGCTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTC
genomic: TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTC
EST: gi|116484531|gb|EG527123.1|EG527123
EST:     ATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCCTTGC
genomic: ATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|124943190|gb|EL019390.1|EL019390
EST:     ACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: ACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|152033756|gb|BP560644.3|BP560644
EST:     TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|116417009|gb|EG459601.1|EG459601
EST:     TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCCGGTACATCTTTGC
genomic: TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|125088040|gb|EL146952.1|EL146952
EST:     ACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGTAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: ACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|164118437|gb|ES087105.1|ES087105
EST:     TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCT
genomic: TTTGACATGGGTGATGTTCTTATTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCT
EST: gi|124766639|gb|EH856769.1|EH856769
EST:     TTGGCGGTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: TTGGCGGTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
EST: gi|124755458|gb|EH845588.1|EH845588
EST:     GTGCACCCACTG                         GGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC
genomic: GTGCACCCACTGgtatgtgtaa ... tgttatacagGGTTCTGTGAAAGTGGCTGTTCTGCGATAGCAGATTCTGGTACATCTTTGC