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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGGTATAATTGATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAGgtataatgttaccttctataaaaactttgacagatgtgcttgtttacttaaatatatcatgttactgaacttccactaatctatctgtttatacatgtatgatgatgcgttctatttccttggtttttcttttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G05420.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116455518|gb|EG498110.1|EG498110
EST:     ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAG                         GTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
genomic: ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAGgtataatgtt ... tttcttttagGTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
EST: gi|116382313|gb|EG424905.1|EG424905
EST:     ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAG                         GTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
genomic: ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAGgtataatgtt ... tttcttttagGTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
EST: gi|116382318|gb|EG424910.1|EG424910
EST:     ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAG                         GTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
genomic: ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAGgtataatgtt ... tttcttttagGTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
EST: gi|116382315|gb|EG424907.1|EG424907
EST:     ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAG                         GTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
genomic: ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAGgtataatgtt ... tttcttttagGTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
EST: gi|116456285|gb|EG498877.1|EG498877
EST:     ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAG                         GTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG
genomic: ATCCAGATTGTAGATTAATTGGACTCCATCTGTATGACGGCTTGTTCAAGgtataatgtt ... tttcttttagGTTATTCCATTTGATAATAAGGGACAGCTCAAGGAAGCTTTTAATATCAG