1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
CTTTTGGCGAAAAGTCCAAATTAGGACGAGGGGGTATGACTGCAAAAGTTAAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGgtaaaaggcccttccgtactcataatctgtaattatactgcataactctatgttgtaaaaaatttagtctccaactttgaaacagataattctttttctt...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G55610.2 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAG TGGATATGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGGEST: gi|124910833|gb|EH984913.1|EH984913
genomic: AAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGgtaaaaggcc ... tttcatgaagTGGATATGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGG
EST: AAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAG TGGATATGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCCEST: gi|86064866|gb|DR360623.1|DR360623
genomic: AAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGgtaaaaggcc ... tttcatgaagTGGATATGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCC
EST: AAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAG TGGATATGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGG
genomic: AAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGgtaaaaggcc ... tttcatgaagTGGATATGCAGCTGAGAATATAAGTAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTTTGGCGAAAAGTCCAAATTAGGACGAGGGGGTATGACTGCAAAAGTTAAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCGTTCCTGTTATCATAACCAGgtaaaaggcccttccgtactcataatctgtaattatactgcataactctatgttgtaaaaaatttagtctccaactttgaaacagataattctttttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctttttc