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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCATGGGGAGCCATTGCTGGGAGTTATTAGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGgtgtgttttctcttcttttttctaattttttaatcaccctaggtgcaatcactaaatgcagaatttacatgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G43300.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G43300.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G335287_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TGCATGGGGAGCCATTGCTGGGAGTTATTAGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGgtgtgttttct--------cttcttttttctaatttttta----atcaccctaggtgcaat---cactaaatgcagaatttacatgtag----
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TTCATGGAGAGCCATTGCTTGGGGTCATTAGAGTATGCTATAACATTGCTCTTAATAGgtacctgttatatcactaccttcttgtttgcagtatgttgccttgttgccctttggaccatgtatgataatttattcatttgtattttgttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125280105|gb|EL294190.1|EL294190
EST:     GAGTTATTAGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAG                         CAAGAGCCCAATTAACCAAGCAACTTCTAAAGCAATGCTGACT
genomic: GAGTTATTAGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGgtgtgttttc ... ttacatgtagCAAGAGCCCAATTAACCAAGCAACTTCTAAAGCAATGCTGACT