1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TTTGGACTGGCAAAGGATGGTCCAAGAGGAGACCAAACACATGTGTCTACACGTGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAGgtctgtctttattactttccgtcagcatatgtctgaattcagcatgtttaattgacacaagaaccttttaaaagtcatggctgttttgtcaagcagtgttaaaaaggaccctttttaagcatatgcatgttgatacgatcacattatgtaaatgggtcatatatgtgattgttgtaatag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G07180.2 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACGTGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAG GGCATTTGACATCCAGAAGTGATGTGTATGGATTCGGTGTAEST: gi|124777998|gb|EH867941.1|EH867941
genomic: ACGTGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAGgtctgtcttt ... gttgtaatagGGCATTTGACATCCAGAAGTGATGTGTATGGATTCGGTGTA
EST: TGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAG GGCATTTGACATCCAGAAGTGATGTGTATGEST: gi|125058448|gb|EL127239.1|EL127239
genomic: TGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAGgtctgtcttt ... gttgtaatagGGCATTTGACATCCAGAAGTGATGTGTATG
EST: ACGTGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAG GGCATTTGACA
genomic: ACGTGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAGgtctgtcttt ... gttgtaatagGGCATTTGACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGGACTGGCAAAGGATGGTCCAAGAGGAGACCAAACACATGTGTCTACACGTGTTATGGGGACTTACGGATACGCTGCTCCAGAGTATGTCATGACAGgtctgtctttattactttccgtcagcatatgtctgaattcagcatgtttaattgacacaagaaccttttaaaagtcatggctgttttgtcaagcagtgttaaaaaggaccctttttaagcatatgcatgttgatacgatcacattatgtaaatgggtcatatatgtgattgttgtaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT