Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCAAGTTTTATTGAGTACTATGCGGAGGAGGCAAAACGTGTATATGGTGATATAATTCCTCCGAATCTGTCTGATCGCCGACTGTTGGTTCTAAAACAGgtttccccattcatgcttctatatttaatacatgcagcttttttgtagtgacatagttctgcaccctaagcttaacttgtaggtgcgtagttaaataatt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G79440.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G79440.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g07760.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GGCAAGTTTTATTGAGTACTATGCGGAGGAGGCAAAACGTGTATATGGTGATATAATTCCTCCGAATCTGTCTGATCGCCGACTGTTGGTTCTAAAACAGgtttccccattcatgcttctatatttaatacatgcagcttttttgtagtgacat-agttctgcaccctaagcttaact--tgtaggtgcgtagttaaataatt---
 |||||||||||||| |||| ||| || || ||||| ||| ||||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||  || | |||||| | || |||||       |  |   || ||  |||| ||  |         |   | | || | |   |    | || | |    ||  | |   ||| || || |  | ||   
TGCAAGTTTTATTGAATACTTTGCTGAAGAAGCAAAGCGTATATATGGTGATATTATTCCCCCAACTCTATCTGATCGTAGATTATTGGTTTTGAAGCAGgtaatatgctaaaacattgtaactttattaattatg-----ctcaaaataactttaaccccaatcacttaaccggcctgtttttattgcata-ttcaccagtttgt