Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaacagtaagatgcttggttttgatcacatgcaagatcttataagtccttggatttgtaacatgagctgaaatcttttcacaatatatgcgcgcttctttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G67325.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116475626|gb|EG518218.1|EG518218
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
EST: gi|116485681|gb|EG528273.1|EG528273
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
EST: gi|125279381|gb|EL293466.1|EL293466
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATG
EST: gi|116485680|gb|EG528272.1|EG528272
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
EST: gi|116475625|gb|EG518217.1|EG518217
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG