1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GACCTTGTCTCTATTGACACCATGATCGAAGAGCAACTCACTGTTGAACCGATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttcatgaacctattcgtaattctttttaagctgtgatcttttgttagataatgtggtgtgtaactgtctatgttggattgaatcataatgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G30230.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GGGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTEST: gi|124723824|gb|EH815226.1|EH815226
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: CAACAAGATAT GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTEST: gi|164044346|gb|ES117797.1|ES117797
genomic: CAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAAEST: gi|164129232|gb|ES092881.1|ES092881
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAA
EST: ATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGEST: gi|125278706|gb|EL292791.1|EL292791
genomic: ATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGG
EST: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCAEST: gi|116453708|gb|EG496300.1|EG496300
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCA
EST: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GGGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTEST: gi|86085521|gb|DR381280.1|DR381280
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GAGGATGGA-AAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTEST: gi|164064194|gb|ES143261.1|ES143261
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: CAACAAGATAT GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTEST: gi|116416034|gb|EG458626.1|EG458626
genomic: CAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTC
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACCTTGTCTCTATTGACACCATGATCGAAGAGCAACTCACTGTTGAACCGATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttcatgaacctattcgtaattctttttaagctgtgatcttttgttagataatgtggtgtgtaactgtctatgttggattgaatcataatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT