Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaatgattatctttttgattttgaccaaaatgtattaaaatctaacatctttgcaatcgttggaatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G20020.3
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G20020.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g01850.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaa----agtaaatgattatctttttgattttgaccaaaatgtattaaaatct-aacatctttgc---aatcgttggaatgcag-----------------------------------------
||||| || || || || ||||| || ||| | || ||||| ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||       |  || ||||  |||  || |||   |    ||| | ||||||| || ||   | |   | |  |   ||||                                            
CTTGCGACCGGTACTGGTATTGCCCCGTTCCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTTTTTGAGAAGTATGATGACTACAAGgtaccaatgttgcatcattagttttcagactttatgct---tgtttcaaaatcttaaaattcatactttatttctccaaatgatttttttctttgttttaaacaatatgtgtgaactcttgtgcag

upper sequence: AT1G20020.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G168143_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgta-aagtaaatgattatctttttgattttgaccaaaatgtattaaa-atctaacatctttgcaatcgttggaatgcag
|||||||| || ||||| || ||||| ||| | || ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | | |        | || |  | ||    ||      |   ||   | || |   |   |  || |    |||||
CTTGCCACCGGTACAGGTATCGCTCCGTTCCGATCGTTCCTGTGGAAGATGTTCTTTGAGAAGCATGACGACTACAAGgtacaggcaggcagcggtgttgtaaagttcacacactggacagagaatggcaaataatgtgtgagccgctcttgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86074562|gb|DR370319.1|DR370319
EST:     TCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCATTG
genomic: TCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|86065482|gb|DR361239.1|DR361239
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACSAACCACTAGCTCATTG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|124757280|gb|EH847410.1|EH847410
EST:     GTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: GTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|125242560|gb|EL256645.1|EL256645
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGG
EST: gi|125160285|gb|EL187954.1|EL187954
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|125193622|gb|EL208576.1|EL208576
EST:     ATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: ATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|116472061|gb|EG514653.1|EG514653
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|163974241|gb|ES169483.1|ES169483
EST:     AGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCATTG
genomic: AGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|125264174|gb|EL278259.1|EL278259
EST:     AGAAACATGATGACTACAAG                         TTCTAATGGCTTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTT
genomic: AGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTC-AATGGC-TTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTT
EST: gi|125049515|gb|EL121784.1|EL121784
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGG
EST: gi|86081707|gb|DR377464.1|DR377464
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCATTG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|124732290|gb|EH823692.1|EH823692
EST:     TTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: TTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|124803896|gb|EH892017.1|EH892017
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGT
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGT
EST: gi|124979744|gb|EL052749.1|EL052749
EST:     GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTA
genomic: GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTA
EST: gi|125225182|gb|EL239267.1|EL239267
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTT
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTT
EST: gi|124992147|gb|EL064416.1|EL064416
EST:     GGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACTATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: GGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAAC-ATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|124877315|gb|EH956752.1|EH956752
EST:     CTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: CTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: gi|124824400|gb|EH909266.1|EH909266
EST:     GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAG
genomic: GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAG
EST: gi|124808385|gb|EH894545.1|EH894545
EST:     CAGGTTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCGTTGGGT
genomic: CAGG-TCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTC-TTGGGT
EST: gi|124712704|gb|EH804106.1|EH804106
EST:     AGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTT
genomic: AGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTT
EST: gi|124869249|gb|EH953686.1|EH953686
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTA
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTA
EST: gi|125262586|gb|EL276671.1|EL276671
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGC
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGC
EST: gi|124756931|gb|EH847061.1|EH847061
EST:     TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAG
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAG
EST: gi|125318870|gb|EL332955.1|EL332955
EST:     TCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG                         TTCAATGGCTTAGCTTG-TTGTTCTTGG-TGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: TCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaatgattatctttttgattttgaccaaaatgtattaaaatctaacatctttgcaatcgttggaatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG