1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GCTGAAGCAGAACTAATTTCATCTATAATGACATTCTTCAAGCGAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgcttacgttctcttttgatgtgatatgatcattttgtttcttggtttacactctagatacagaaccaagtaactcacttgcaatgctaaacatgagttgagattattttgcacgatctgcagcatctgaatatccactgtagctaacatctcccataacttcttccttgtacag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G03406.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436934|gb|EG479526.1|EG479526
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436926|gb|EG479518.1|EG479518
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436944|gb|EG479536.1|EG479536
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436933|gb|EG479525.1|EG479525
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436929|gb|EG479521.1|EG479521
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436941|gb|EG479533.1|EG479533
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCGCTGCATCAGATGTGGG--TTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436930|gb|EG479522.1|EG479522
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436942|gb|EG479534.1|EG479534
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCGCTGCATCAGATGTGGG--TTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436940|gb|EG479532.1|EG479532
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436943|gb|EG479535.1|EG479535
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436931|gb|EG479523.1|EG479523
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAEST: gi|116436945|gb|EG479537.1|EG479537
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTGAGGTTTCAAGCCGCAAG GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTGAAGCAGAACTAATTTCATCTATAATGACATTCTTCAAGCGAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgcttacgttctcttttgatgtgatatgatcattttgtttcttggtttacactctagatacagaaccaagtaactcacttgcaatgctaaacatgagttgagattattttgcacgatctgcagcatctgaatatccactgtagctaacatctcccataacttcttccttgtacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG