Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAATgtaaacctttcttcttttgtgtatttcctgattctttactagtcatgtaaattgagtttactctatactatagatatttatgtgggatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G37040.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125282243|gb|EL296328.1|EL296328
EST:     GATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAAT                         GGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTT
genomic: GATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAATgtaaaccttt ... tgggatgcagGGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTT
EST: gi|124723486|gb|EH814888.1|EH814888
EST:     GGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAAT                         GGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAATGTTGACGAG
genomic: GGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAATgtaaaccttt ... tgggatgcagGGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAATGTTGACGAG
EST: gi|125020983|gb|EL093252.1|EL093252
EST:     CACTTGAGGATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAAT                         GGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAAT
genomic: CACTTGAGGATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAATgtaaaccttt ... tgggatgcagGGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAAT
EST: gi|86077188|gb|DR372945.1|DR372945
EST:     GATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAAT                         GGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAATGTTGACGAG
genomic: GATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAATgtaaaccttt ... tgggatgcagGGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAATGTTGACGAG
EST: gi|124816127|gb|EH900993.1|EH900993
EST:     ATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAAT                         GGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAATGTTGACGAG
genomic: ATGGGGATATTATCAACATCGATGTCACAGTTTATTTGAATgtaaaccttt ... tgggatgcagGGTTATCATGGTGATACTTCAGCAACTTTCTTCTGTGGAAATGTTGACGAG