1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CAGAACACTTTACTGAGCGTATGGCGCGGATGAAAGAAGATCCAGAGTTGAAACCTATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgatacaaacttctttcaatgttttttagagaaactgtagagtttgtttctgtttatgaaggaagaattatttattctgttttag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G35450.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCCTTCTGCCATGATGAA GTACTGGAATGATCCAGAAGTGCTGAAAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATEST: gi|125184734|gb|EL199688.1|EL199688
genomic: TCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgata ... tctgttttagGTACTGGAATGATCCAGAAGTGCTGAAAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTAT
EST: ATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAA GTACTGGAATGATCCAGAAGTGCTGAAAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATEST: gi|124996095|gb|EL068364.1|EL068364
genomic: ATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgata ... tctgttttagGTACTGGAATGATCCAGAAGTGCTGAAAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTAT
EST: ATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAA GTACTGGAATGATCCAGAAGTGCTGAAAAAGCTGGGTGAAGCAAEST: gi|125318603|gb|EL332688.1|EL332688
genomic: ATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgata ... tctgttttagGTACTGGAATGATCCAGAAGTGCTGAAAAAGCTGGGTGAAGCAA
EST: AAACCTATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAA GTACTGGAATGATCCEST: gi|124760675|gb|EH850805.1|EH850805
genomic: AAACCTATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgata ... tctgttttagGTACTGGAATGATCC
EST: AAACCTATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAA GTACTGGAATGATCCAGAAGTG
genomic: AAACCTATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgata ... tctgttttagGTACTGGAATGATCCAGAAGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAGAACACTTTACTGAGCGTATGGCGCGGATGAAAGAAGATCCAGAGTTGAAACCTATACTAGATGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCCATGATGAAgtgagtgatacaaacttctttcaatgttttttagagaaactgtagagtttgtttctgtttatgaaggaagaattatttattctgttttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG