Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCCATGAAATGTGTGCTAACATTGGTGTGGATCCTCTTGCTTCTAACAAGGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgctctctctttctagtgccactgaagaagatgcttctgatttttggttagctatgagtcttaagggatataaaatctcttgtgtacttttttctcttgttttgaattggacatgccctctgtgatattagaaagcagggatgtaacaattttcgtgaattcattaaatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G27040.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G27040.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G026311_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TTCCATGAAATGTGTGCTAACATTGGTGTGGATCCTCTTGCTTCTAACAAGGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgctctctctttctagtgccactgaagaagatgcttctgatttttggttagctatgagtcttaagggatataaaatctcttgtgtacttttttctcttgttttgaattggacatgccctctgtgatattagaaagcagggatgtaacaattttcgtgaattcattaaatag
|||||||| ||||| || ||  | || || |||||  | || ||||| || ||  ||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||||  |  | ||| ||   || |||     |||      | |||||| |  |                     |||  ||||||||  | ||       ||     || | |     |                                                             
TTCCATGAGATGTGCGCAAAAGTCGGAGTAGATCCATTGGCATCTAATAAAGGAGTCTGGGCAGAACTTCTAGGGATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgttggcatactcact---tcaagttttcttgagtg---ttcttctggtcat---------------------ggaagtaaaatctggtatgcttaccgttgatgcgtatcgtggcag-------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116404460|gb|EG447052.1|EG447052
EST:     GGG-TTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGGAGGT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAAT-GGAGGT
EST: gi|116404485|gb|EG447077.1|EG447077
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404457|gb|EG447049.1|EG447049
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404471|gb|EG447063.1|EG447063
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404489|gb|EG447081.1|EG447081
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|124757389|gb|EH847519.1|EH847519
EST:     TATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: TATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404468|gb|EG447060.1|EG447060
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTACTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404480|gb|EG447072.1|EG447072
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404481|gb|EG447073.1|EG447073
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404466|gb|EG447058.1|EG447058
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404478|gb|EG447070.1|EG447070
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404474|gb|EG447066.1|EG447066
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTACTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404364|gb|EG446956.1|EG446956
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404464|gb|EG447056.1|EG447056
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404356|gb|EG446948.1|EG446948
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404487|gb|EG447079.1|EG447079
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTCTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404482|gb|EG447074.1|EG447074
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTCTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404362|gb|EG446954.1|EG446954
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGGAGGT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGG-AGGT
EST: gi|116404459|gb|EG447051.1|EG447051
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404461|gb|EG447053.1|EG447053
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         -A-TT-A--TT---GAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404467|gb|EG447059.1|EG447059
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTGG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|164151571|gb|ES023284.1|ES023284
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATC
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATC
EST: gi|116404472|gb|EG447064.1|EG447064
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
EST: gi|116404455|gb|EG447047.1|EG447047
EST:     GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTG                         GAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT
genomic: GGGTTTCTGGGCTGAGCTCCTTGGTATTGGTGACTTCTACTATGAACTTGgtatgtttgc ... cattaaatagGAGTTCAGATTATTGAAGTTTGCATGCTTACAAGATCACATAATGGAGGTT