Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACAATGTTGAAAAGATGGAAGCCCTTGAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctacatatgctttcaaatactattctacgatttttttactatgttaaattcggaaatctatcattttagccttgcacaagagttaaaagattact...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G08520.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|301502441|gb|HO207981.1|HO207981
EST:     GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGG                         GATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
genomic: GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctaca ... acttgttcagGATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
EST: gi|86024307|gb|DR320060.1|DR320060
EST:     GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGG                         GATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAA-GTAGCAATGC
genomic: GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctaca ... acttgttcagGATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGTAGCAATGC
EST: gi|86024308|gb|DR320061.1|DR320061
EST:     GAAAACTTGTATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGG                         GATGGTACTTGAAACAGACGCGA
genomic: GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctaca ... acttgttcagGATGGTACTTGAAACAGACGCGA
EST: gi|164025633|gb|ES124867.1|ES124867
EST:     TCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGG                         GATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAA-GTAGCAATGCA
genomic: TCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctaca ... acttgttcagGATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
EST: gi|19875026|gb|AU235857.1|AU235857
EST:     GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGG                         GATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGT
genomic: GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctaca ... acttgttcagGATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGT
EST: gi|47828401|gb|CK118085.1|CK118085
EST:     GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGG                         GATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
genomic: GAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctaca ... acttgttcagGATGGTACTTGAAACAGACGCGAATGTTATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAACAATGTTGAAAAGATGGAAGCCCTTGAAAACTTGGATCTCATCTTTTTGTGCCTTGATGAGATGGTTGATCAAGGgtatgctacatatgctttcaaatactattctacgatttttttactatgttaaattcggaaatctatcattttagccttgcacaagagttaaaagattact

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG