Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAAGTCGCATTGCTTCTATTTGCTCTGCTGAAAGCATTTCAAGCAGCTCCAAACAGATTGATGACCGACAATGTCTACACAACTTTGCTTGGGGCTTCGgtatgacatgtcttaatatatctttcatttgtttgatctatctttaagcgtagctggtttaatgtcaagaatttggtggaaaaagagagtctctgaggtgcaacttttttttagtaagatttatatgtatacctggtttaatgtcaaggatctttcttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G60920.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G60920.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g46894.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TAAAGTCGCATTGCTTCTATTTGCTCTGCTGAAAGCATTTCAAGCAGCTCCAAACAGATTGATGACCGACAATGTCTACACAACTTTGCTTGGGGCTTCGgtatgacatgtct-taatatatctttcatt-tgtttgatctatctttaagcgtagctggtttaatgtcaagaatttggtggaaaaagagagtctctgaggtgcaacttttttttagtaagatttatatgtatacctggtttaatgtcaaggatctttcttgcag
|| |||  || || | || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||  | ||||| |  |||||||| |   ||||  ||   ||| |||||||   | | | |  | | |   | ||| | | || | |    ||   || |   | |||  | | |  ||||   |   || ||  | |  || || ||                                                              
TAGAGTGTCACTGTTACTGTTTGCTCTGCAGAAAGCATTTCAAGCAGCCCCAAGGAGGCTTATGACTGTAAATGTCTATATGGCTTTAATTTCTGCTGCGgtatgttgtttatgtgctgtctagataattgtatatgtttttgacttccacgaaatcgatttcctatgattaattaactt--aagagtaaattacttagttg--------------------------------------------------------------