Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCGTCATGGCCCTTGGGGGATCGACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGgtgacagattgttatgatgtttcttattattaccatggaaagcaatggaccgaagtaatgaatggaaatgatttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G23940.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G23940.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA13G27810.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GTGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCGTCATGGCCCTTGGGGGATCGACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGgtgacaga---ttgttatgatgtttcttattattaccatggaaagcaatggaccgaagtaatgaatggaaatgatttcag---
| || || |||||||  |||||||| |||||||||||||||   || ||||| ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||||||||||| | ||||  ||   ||| |   |    || ||||  ||      | | |  ||    |||      | || || ||||||  |   
GAGATATCATCACTCGTAAATCACTACGTAATGCAATGGTTATAGTTATGGCACTTGGTGGATCTACTAATGCTGTGTTACATTTAATTGCTATTGCCAAgtgagtgaagtttgatgccagagatcctatttatatac--aataaccctgagatgaaacctcaagtgtaa-tgattttggcag