Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCCCAGGCCATCCTGCTTTGAATGAAAATGGTCGAGATTCGTTAAGGCGGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttgggctaggaaaagcatatttgagtacccaatagcattaatagttgttacaattgtttcaaggctaagctaacaatgatcctgtaaaatttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G37290.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116398838|gb|EG441430.1|EG441430
EST:     GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAG                         GCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTT
genomic: GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttggg ... aaatttgcagGCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTT
EST: gi|116401134|gb|EG443726.1|EG443726
EST:     GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAG                         GCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTTGAT
genomic: GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttggg ... aaatttgcagGCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTTGAT
EST: gi|116398843|gb|EG441435.1|EG441435
EST:     GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAG                         GCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTT
genomic: GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttggg ... aaatttgcagGCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTT
EST: gi|116398833|gb|EG441425.1|EG441425
EST:     GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAG                         GCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGC
genomic: GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttggg ... aaatttgcagGCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGC
EST: gi|116398836|gb|EG441428.1|EG441428
EST:     GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAG                         GCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTT
genomic: GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttggg ... aaatttgcagGCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTGCTTCTGTT
EST: gi|116401146|gb|EG443738.1|EG443738
EST:     GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAG                         GCTATGAACTTTATTGCTGGACTGTTG
genomic: GGATACTTCTAGCTTATGCTTGTCACAACCCATCTGTTGGCTACTGTCAGgtgacttggg ... aaatttgcagGCTATGAACTTTTTTGCTGGACTGTTG