Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTCCGTGCATCTGCCAAAGGAGTGACTCTTGAGCTATGCCGTTGGATTGGAAAAGACCCTGTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATGgtaagatttatgttgagccgcacatttgcaacttagctatgctgccaagttgatatgaactggattaaatcctcttgatttttcttggaattggaaaact...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35630.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G35630.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G070126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TGTCCGTGCATCTGCCAAAGGAGTGACTCTTGAGCTATGCCGTTGGATTGGAAAAGACCCTGTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATGgtaagat-ttatgttgagccgcacatttgcaacttagctatgctgccaagttgatatgaactggattaaatcctcttgatttttcttggaattggaaaact
|||||| || ||| | || ||  |||| || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||  | | |  |    ||    ||||  | |     | | |    || | || |||| | |     |   |  |                           
TGTCCGGGCTTCTTCTAAGGGTTTGACACTAGAGCTTTGTCGGTGGATTGGCAAAGACCCTGTAAAGTCTATTTTGTTCGAGAAGATGAGGGATACTATGgtgcgttatccttaaaagtttaacataagtagtcgtgttctatcaccca-ttaatataaccaattctttgtgtttacag----------------------

upper sequence: AT2G35630.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TGTCCGTGCATCTGCCAAAGGAGTGACTCTTGAGCTATGCCGTTGGATTGGAAAAGACCCTGTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATGgtaagatttatgtt---gagccgcacatttgcaacttagctatgctgccaagttgatatgaactggattaaatcctcttgatttttcttggaattggaaaact
|||||| || ||| | || ||  |||| || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||  | | | | ||    |     |||| || || |  | | |    |  | |  | || | |       |||  ||||  | |||   |             
TGTCCGGGCTTCTTCTAAGGGTTTGACACTAGAGCTTTGTCGGTGGATTGGCAAAGACCCTGTAAAGTCTATTTTATTTGAGAAGATGAGAGATACTATGgtgcgttattttttcaaaattttaacatgtgtaattctgttctatcactcaataaa-ataacc-------aatattctttgtgtttacag-------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164017142|gb|ES057268.1|ES057268
EST:     AAAGACCCTGTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATG                         AAAAAAGAGCTGGAGGCTGAGCTTGCCAATGTTACAGCGGGTGCCAAGCCT
genomic: AAAGACCCTGTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATGgtaagattta ... actatgtaagAAAAAAGAGCTGGAGGCTGAGCTTGCCAATGTTACAGCGGGTGCCAAGCCT
EST: gi|164085795|gb|ES066509.1|ES066509
EST:     AAAGACCCTAGTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATG                         -AAAAAGAGCTGGAGGCTGAGCTTGCCAATGTTACAGCGGGTGCCAAGCCT
genomic: AAAGACCCT-GTAAAGTCTATATTGTTTGAAAAAATGAGGGATACGATGgtaagattta ... actatgtaagAAAAAAGAGCTGGAGGCTGAGCTTGCCAATGTTACAGCGGGTGCCAAGCCT