Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaactgtagtagattcaattgcagtgaacataaattaaaatgtagctgttaattatatctttaatatgttccattctgtatcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35530.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G34170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaactgtagtagattcaattgcagtgaacataaattaaaatgtagctgttaattatatctttaatatgttccattctgtatcag
||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||||||| |    | |  | ||   |   ||| ||| | |||     |  ||       | || ||  ||||   |    |  || | |      
CAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCCTGGTGGCATTTATGCTCATCCATCCATGCCTCCGgtatttttta-taaactatgctttcttgaagttatcatgctgaatgattagctcatcaactac-tcttgcctcaaatttatacag------

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G01740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaactgtagtagattcaattgcagtgaacataaattaaaatgtagctgttaattatatctttaatatgttccattctgtatcag
||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||||||| |      |  | || | |   ||| ||| | |||     |  ||       | || ||    |     |  ||  || | |      
CAATTTATGCCTCCCTATGGTACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCCTGGTGGCATTTATGCTCATCCATCCATGCCTCCGgtattttttg-taaactatactttcttgaagttatcatgctgaatcattagctcatcaactactgttgcctcaaattt-atacag------

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA16G15810.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaactg-tagtagattcaattgcagtgaacataa--attaa--aatgtagctgttaattatatctttaatatgttccattctgtatcag---------
||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| || || ||||| || || ||||||||| |       | || |    ||   || |    | ||    |||||  |    |  |   ||||   |   |||||| | |   | | ||| |          
CATATTATGCCTCCCTATGGCACTCCACCTCATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCATGGTGGCATATATGCTCATCCATCCATTCCTCCGgtattctttgtagataatgctctcttatggatattatattgttattaatcatcacaatttagaattcatttactaatatttgcatatttttatgaatttatttag

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G34280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaactg-tagtagattcaattg--cagtgaacataaattaa--aatgtagctgttaattatatctttaatatgttccattctgtatcag---------
|||   |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||  |||||||| || || ||||| || || ||||||||| |       | ||||   |||   ||   | |  |    ||||||  |   ||  |   ||||   |  | ||||| | |   | | || ||          
CATTATATGCCTCCCTATGGCACTCCACCACATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCATGGTGGCATATATGCTCATCCATCTATTCCTCCGgtattctttgtagatagtgctttcttatggatattatattgtaattaatcatcataatttagaattcattaatcaatatttccatatttctaccaatacatttag

upper sequence: AT2G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv02s0012g02250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
CATATGATGCCTCCTTATGGAACTCCGCCTCATCCTTATGTTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaactgtagta-gattcaattgcagtgaacataa-attaaaatgtagctgttaattatatc------tttaatatgttccattctgtatcag-------
||| | |||||||| ||||| || || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || || ||||| || || ||||||||| |  |   || || | | || | || |||| |  |||   | |   ||||  || |   |  ||       | ||| ||| || ||  | |||          
CATCTAATGCCTCCATATGGTACCCCACCACATCCATATGTTGCAATGTATCCCCCTGGTGGCTTATATGCTCATCCATCTATTCCTCCGgtattttcttttggagcatgctttagtttcagttataatattgtcatcgtgtacttgctttctgcattccgctatctaaaatgctcaatgttttattttttaacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070243|gb|DR366000.1|DR366000
EST:     TTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCG                         GGTTCTTATCCCTATAGCCCTTATGCTATGCCTTCTCCAAATGGAATGACT
genomic: TTGCAATGTATCCCCCAGGTGGCATGTACGCACATCCTTCAATGCCTCCGgtactgccaa ... tctgtatcagGGTTCTTATCCCTATAGCCCTTATGCTATGCCTTCTCCAAATGGAATGACT