Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATGATGGGTTCTGGGAAAACAACTGTGGGAAAGTTAATGTCCAAAGTGCTCGGTTATACGTTCTTTGACTGgtatgtatatgctactgaagcaaagcctttatatgttttatatgcttcaatagaagtctcctggaaaacattttatatgatttggtgttagttatgaatgtgttttgtaaccttctataagttttgtggttgtgtcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G21940.4
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G21940.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAATGATGGGTTCTGGGAAAACAACTGTGGGAAAGTTAATGTCCAAAGTGCTCGGTTATACGTTCTTTGACTGgtatgtata--tgctactgaagcaaagcctttatatgttttatatgcttcaatagaagtctcctggaaaacattttatatgatttggtgttagttatgaatgtgttttgtaaccttctataagttttgtggttgtgtcag
|||||||||||||||| ||||  |||||||||||| | |||||  ||||  | |||||| ||||||||||  ||| |||||   ||||| |     |     | |   ||   |   ||||   || | | |||       ||  ||||||||  | |||  ||  ||                                             
GAATGATGGGTTCTGGAAAAAGTACTGTGGGAAAGATCATGTCTGAAGTTTTGGGTTATTCGTTCTTTGATAGgtttgtatttttgctatttgccaaggagatct---tgcccttggtgctc--atggtaatct-------aagcttttatatt-tctggaattgtttgcag-----------------------------------------

upper sequence: AT2G21940.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA05G31730.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GAATGATGGGTTCTGGGAAAACAACTGTGGGAAAGTTAATGTCCAAAGTGCTCGGTTATACGTTCTTTGACTGgtatgtatatgctactgaagcaaagcctttatatgttttatatgcttcaatagaagtctcctggaaaacattttatatg-atttggtgttagttatgaatgtgttttgtaaccttctataagttttgtggttgtgtcag
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||| |||||| | || | |||  |||  ||||  |||| |    ||    || |  |||    | |   | || |  |    |  | | ||  |  |||| || | ||||  |     ||  |   ||                                   
GAATGATGGGCTCTGGGAAAACAACAGTGGGGAAGATAATGTCGCAAGTGCTTGGTTATTCATTTTGTGATAGgttagtat--gctaattgctcatcttctcttcatgggg-agaaaatgcatttaa---ttaatagcaagtaaattatgtgtaattggaatgcacaatagaccagtag---------------------------------

upper sequence: AT2G21940.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G14980.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GAATGATGGGTTCTGGGAAAACAACTGTGGGAAAGTTAATGTCCAAAGTGCTCGGTTATACGTTCTTTGACTGgtatgtatatgctactgaagcaaagcctttatatgttttatatgcttcaatagaagtctcctggaaaacattttatatg-atttggtgttagttatgaatgtgttttgtaaccttctataagttttgtggttgtgtcag
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||| |||||| | || | |||  |||  |||| |            ||    | || | ||||    | |  || |    | |  | | ||  |  |||| || | ||||  |     ||  |   ||    ||                             
GAATGATGGGCTCTGGGAAAACAACGGTGGGGAAGATAATGTCACAAGTGCTTGGTTATTCATTTTGTGATAGgttagtatgtt-----------aattgctcatcttttttcatgggtagaaaatgcatttaatagcaagtaaattatgtgtaattggaatgcacaatagaccagtagaatac----------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86059499|gb|DR355256.1|DR355256
EST:     ACTGTGGGAAAGTTAATGTCCAAAGTGCTCGGTTATACGTTCTTTGACTG                         CGACACTTTTGATTTGA-CAGGCGATGAATGGAACTTCTGTTGCAGAGATA
genomic: ACTGTGGGAAAGTTAATGTCCAAAGTGCTCGGTTATACGTTCTTTGACTGgtatgtatat ... gttgtgtcagCGACACTTT-GATT-GAACAGGCGATGAATGGAACTTCTGTTGCAGAGATA