Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTCAATGGTGTTTTCCTTAAAGTCAACAAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatatacactctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G01250.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G868433_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ATTTTCAATGGTGTTTTCCTTAAAGTCAACAAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgta---tgtatatac-actctcatcctaa----accctttaatctgatg---ctatgagataacaagagtc-ttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcag
|| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||| |||||  | || |||||   | | | | |   | | ||  |       |   ||| | || ||    | | |    |     ||  ||||| || |    |  | |   |||||      
ATATTCAATGGCGTGTTCCTGAAAGTCAACAAGGCTACCATTAACATGCTTCGCAGGGTTGAGCCTTATGTTGCATATGGgtaatttctctttgctgatttaattattgtcttgcttcttattttggtgtatttttcactcgaagtacgtagttgaaaagagatcatactgtgacctgtt------

upper sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ATTTTCAATGGTGTTTTCCTTAAAGTCAACAAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatatacact-------ctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaa--gagtgt-gacttttctcttctgtttttcag
|| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||| | |||||||| |||||  | || ||||| || |     ||        || |||    ||  ||| | ||||  |||     |   | | |   ||   ||  |  ||   | || ||    || |   
ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttctagctgatttaattcttccgttgccgcttattttgata-tatcctccattgaaaatacagagttgaaagcagatcatactgttgcacttgt---

upper sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATTTTCAATGGTGTTTTCCTTAAAGTCAACAAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatatacactctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcag
|||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||  |||||||||| | | | |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    ||  | | | | ||   || |  |     |||  | |   |  | |  | | |||    |||| |  ||| ||||||    
ATTTTCAATGGTGTATTTCTCAAAGTTAACAAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgttta----cttccctgccatacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgag----acttctg-cttttgttttag--

upper sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA07G02270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATTTTCAATGGTGTTTTCCTTAAAGTCAACAAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatatacactctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcag
|||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||  |||||||||| | | | |||||||| ||||| ||||| ||||||||  |      ||  || ||      ||| |   || | ||||  ||     | | || | |||  |     || | ||||         
ATTTTCAATGGTGTATTTCTCAAAGTTAACAAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCGTATGTGACTTATGGgtatgtcaacttttccttgtctta-----cttatttaaatacgatgatttatttttactgttaatgagacttctgcttttgttctag-------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125291465|gb|EL305550.1|EL305550
EST:     TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|164018459|gb|ES143570.1|ES143570
EST:     CCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGTAGTTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTAC
genomic: CCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAG-AG-TGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTAC
EST: gi|125219533|gb|EL233618.1|EL233618
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTANAAGAGA
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGA
EST: gi|86083519|gb|DR379278.1|DR379278
EST:     TTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: TTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|164108779|gb|ES025314.1|ES025314
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAG
EST: gi|124980897|gb|EL053809.1|EL053809
EST:     CCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: CCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|164154234|gb|ES205087.1|ES205087
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAGCTTGAAGAGTGTC
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTC
EST: gi|125307633|gb|EL321718.1|EL321718
EST:     CGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGGTCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: CGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|164231700|gb|EL998579.1|EL998579
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAG
EST: gi|164207272|gb|ES175042.1|ES175042
EST:     CCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: CCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|124719583|gb|EH810985.1|EH810985
EST:     TGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: TGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|124745629|gb|EH836441.1|EH836441
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACT
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACT
EST: gi|125205577|gb|EL220531.1|EL220531
EST:     GAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGG
genomic: GAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGG
EST: gi|86082419|gb|DR378178.1|DR378178
EST:     AAGGCTACGATGAACAT-STTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|164094463|gb|ES082960.1|ES082960
EST:     ACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG
genomic: ACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG
EST: gi|164237567|gb|ES093249.1|ES093249
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTC
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTC
EST: gi|124934660|gb|EL011713.1|EL011713
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTG
EST: gi|125226913|gb|EL240998.1|EL240998
EST:     TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|86082295|gb|DR378054.1|DR378054
EST:     AAGGCTACGATGAACAT-STTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|47828829|gb|CK118513.1|CK118513
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: gi|125094418|gb|EL151918.1|EL151918
EST:     AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG                         ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG