1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTGATTTGGCACCCGGAAGTGATGTTAAGCTGACTGGTCCTGTAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctcccttaaacctcaaatatcttgacttgcttatgactaaacctctataggttctgtttcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G20020.3 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATCCAAACGACCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|86065482|gb|DR361239.1|DR361239
genomic: ATCCAAACG-CCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|164100854|gb|ES062835.1|ES062835
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGEST: gi|125156533|gb|EL186098.1|EL186098
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAG
EST: CCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGTCCGCAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATEST: gi|125066982|gb|EL133657.1|EL133657
genomic: CCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTG-CCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGAT
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGAACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATEST: gi|116472061|gb|EG514653.1|EG514653
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGA-CAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTAT
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|124940213|gb|EL016682.1|EL016682
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: TAGGCAAAGAAATGC-TANGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTAEST: gi|124747975|gb|EH838105.1|EH838105
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTA
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGEST: gi|125254149|gb|EL268234.1|EL268234
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTEST: gi|86081707|gb|DR377464.1|DR377464
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCT
EST: CAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCT-CTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|125292842|gb|EL306927.1|EL306927
genomic: CAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: CAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTT-CAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|164024222|gb|ES135220.1|ES135220
genomic: CAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: AAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|124876940|gb|EH956377.1|EH956377
genomic: AAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGEST: gi|125184524|gb|EL199478.1|EL199478
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGEST: gi|124740955|gb|EH832117.1|EH832117
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTEST: gi|124869249|gb|EH953686.1|EH953686
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTT
EST: CCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|124782917|gb|EH872836.1|EH872836
genomic: CCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: GCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|124978218|gb|EL051442.1|EL051442
genomic: GCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTEST: gi|125262586|gb|EL276671.1|EL276671
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTT
EST: CCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGEST: gi|125042817|gb|EL115086.1|EL115086
genomic: CCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCC
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGATTTGGCACCCGGAAGTGATGTTAAGCTGACTGGTCCTGTAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctcccttaaacctcaaatatcttgacttgcttatgactaaacctctataggttctgtttcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA