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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGAGGCTGAAGTCAAGACGAAAGAGGAGATGGGCTCGTTTCTAGCACGAGGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgtaatttgaaatgcactgttttcattccgttttctttataactacttcaatacttgaaagagctaatgtggctgatccactagtagagttat...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G60930.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164059209|gb|ES200604.1|ES200604
EST:     -GCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAG                         TCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC
genomic: GGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgt ... gcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC
EST: gi|164089355|gb|ES072798.1|ES072798
EST:     GCTCTTTGTCTCGAGCTACGAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAG                         TCGGTCCCATGCAATCTTCACAA
genomic: GCTCTTTGTCTCGAGCTAC-AGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgt ... gcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAA
EST: gi|164235992|gb|ES056151.1|ES056151
EST:     GGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAG                         TCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC
genomic: GGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgt ... gcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC