Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAGTTGGGAATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTTGTTTTGCTTGGTACCTCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGgtaggtagacttcatgtatatgatttatgttacaatttagtttccaggttggtggtggtagctttacttgagtacttccaaatgtgctaaaagttaactcatacatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G44240.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G44240.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G33340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
ACAAGTTGGGAATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTTGTTTTGCTTGGTACCTCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGgtaggtagactt-----catgt--atatgatttatgttacaatttagt-ttccaggttggtggtggtagctttac--ttgagtacttccaaatgtgctaaaagttaact-catacatgcag-----------------------------
 || || || || || || ||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||   |      ||||   | |    |  | |  |  |  ||  || ||||    | |   |  || |||  ||     ||| |        | | | || | |  ||||||                                 
TCATGTAGGTAACATAGTATGGCTACGTGAAAATGATGAAGTGCCTTGTGACCTTGTTTTGATTGGCACCTCTGATCCTCAAGGAGTTTGCTATATAGAGgtaattatgttgtgaaacatgctaaaactggtcttctctctctgcagcattgcagggaaattggaatgtctatactattcttctctttctctctcattgacatttcattatatacattttaaggaccttatgatatgacatgttattcag

upper sequence: AT5G44240.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G37090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
ACAAGTTGGGAATATTGTCTGGTTGCGTGAGAATGATGAAGTTCCTTGTGATCTTGTTTTGCTTGGTACCTCTGATCCACAAGGTGTTTGCTATGTAGAGgtaggtagacttcatgtatatgatttatgttacaatttagtttccaggttggtggtggtagctttacttgagtacttccaaatgtgctaaaagttaactcatacatgcag
 || || || ||||| || ||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||        | ||||   |||   ||| || || |    |||    |  |  |                                                       
TCATGTAGGTAATATAGTATGGCTACGTGAAAATGATGAAGTGCCTTGTGACCTTGTTTTGATTGGCACCTCTGATCCTCAAGGAGTTTGCTATATAGAGgtaa-------ttatgt-cgtgaaacatgctaaaactggtcttctctctctgcag-------------------------------------------------------