1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G35530.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATTGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGEST: gi|47831884|gb|CK121568.1|CK121568
genomic: CTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTAT-GGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCG
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCEST: gi|47831852|gb|CK121536.1|CK121536
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCEST: gi|47831894|gb|CK121578.1|CK121578
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCEST: gi|86075910|gb|DR371667.1|DR371667
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTAGATGAAGTTCEST: gi|86081922|gb|DR377681.1|DR377681
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTCEST: gi|125043048|gb|EL115317.1|EL115317
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATCGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCAEST: gi|86081832|gb|DR377591.1|DR377591
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCA
EST: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA GTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaa ... atgtatgcagGTCATTGTGAGTGGAAAACTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCGATGAAGTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtgagtgcaaacctctttgttttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcatgtatgcag
- - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG