Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgctttgttcttttttacttgatcaatgtgattgtcttagatgtttcacaattagctaagatcctgaagattttattttacttataatctttgctt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G03880.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116475228|gb|EG517820.1|EG517820
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|125219410|gb|EL233495.1|EL233495
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTG
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTG
EST: gi|125305745|gb|EL319830.1|EL319830
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|116475229|gb|EG517821.1|EG517821
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|124890138|gb|EH969040.1|EH969040
EST:     GTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: GTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|124758880|gb|EH849010.1|EH849010
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTAT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTAT
EST: gi|125289172|gb|EL303257.1|EL303257
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAAATGGTTGCAGTGTTGG
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAA-TGGTTGCAGTGTTGG
EST: gi|125279755|gb|EL293840.1|EL293840
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|125108311|gb|EL161293.1|EL161293
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|124933991|gb|EL011099.1|EL011099
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
EST: gi|116483992|gb|EG526584.1|EG526584
EST:     TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAG                         GTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT
genomic: TGAAGGCTGTCCCTTCTGCCGGAAGgtaatgcttt ... atttttgcagGTCAGGGAAATGGTTGCAGTGTTGGATCTTGATATTCTCTACTATCCTTGT