Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAATTTGGCTACCACAGATACTAGCTGTGAGTCAGTGGTGACGAGTGGTCAACACCACTTGACCCCTCAACATCAGCCTCGTGATGCTAGTCCTGCTGGgtaagttagaaccaacaattcttggctttaaataacatgacacacttttgagtcagtttttgttctctgccaccatttaaagcttctatatatctttgttaaatcaatgaatctctttgagtgtatctccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G32880.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G32880.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g03250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GGAATTTGGCTACCACAGATACTAGCTGTGAGTCAGTGGTGACGAGTGGTCAACACCACTTGACCCCTCAACATCAGCCTCGTGATGCTAGTCCTGCTGGgtaagttagaaccaacaattcttggctttaaataacatgacacacttttgagtcagtttttgttctctgccaccatttaaagcttctatatatctttgttaaatcaatgaatctctttgagtgtatctccag
 ||   | || |||||||| || || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||  | ||||| |||||||| |||| |||   ||       || ||    |||  |           | |||   || ||  | |||   | |||           |  | |||  ||    ||  | |||      |||||  ||| | || ||
CGACCCTTGCCACCACAGACACCAGTTGTGAATCGGTGGTGACAAGTGGTCAACACCATTTGACTCCTCAGCATCCACCAAGGGATGCCAGTCCTGCAGGgttagtggaaat----gctttttattgttaggt-----------ccttt---tctgtcctcgtttattaccattgccc----ttgttgtatggct----tatgttaatatg---ctttgtatgt-tttctag