1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TACCGGAAATCGGAAAGACTTGGCGTCGAGTACTAAGCAAATGACCATCTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctccctaacacttatacacttgatattcaagttatttgactacattttgatatctaaaaaggtagagaattgagaagttcatctgatgaatgttatttttttgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G32570.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAG GCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGAATCAAGCGGAGGCTCATGGTCTACEST: gi|116379998|gb|EG422590.1|EG422590
genomic: TGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctcc ... ttttttgcagGCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGA-TCAAGCGGAGGCTCATGGTCTAC
EST: TCTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAG GGCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTTTACEST: gi|164137172|gb|ES015509.1|ES015509
genomic: TCTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctcc ... ttttttgcagG-CGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTCTAC
EST: CTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAG GCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTEST: gi|116469032|gb|EG511624.1|EG511624
genomic: CTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctcc ... ttttttgcagGCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGT
EST: TCTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAG GCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTCTACGEST: gi|124923766|gb|EL001923.1|EL001923
genomic: TCTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctcc ... ttttttgcagGCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTCTACG
EST: TGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAG GCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTCTACG
genomic: TGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctcc ... ttttttgcagGCGGATGTGATAATGGCCTTGGCAGGATCAAGCGGAGGCTCATGGTCTACG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TACCGGAAATCGGAAAGACTTGGCGTCGAGTACTAAGCAAATGACCATCTTCTATGGCGGTCAAGCTCATGTCTTTGATGACGTTCACCCAAACAAGgtgattctccctaacacttatacacttgatattcaagttatttgactacattttgatatctaaaaaggtagagaattgagaagttcatctgatgaatgttatttttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA