Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACAAGTTAATTAAAGAGGTTGGTGATGGAACTTTTGGTAGTGTTTGGCGAGCTATAAATAAGCAGACGGGTGAAGTCgtaagttactttcttggagagctatctattactggtagaatgttctgtacttggtttttaactaagtgaaattttctatgagcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G19110.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G19110.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G108829_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GTACAAGTTAATTAAAGAGGTTGGTGATGGAACTTTTGGTAGTGTTTGGCGAGCTATAAATAAGCAGACGGGTGAAGTCgtaagttacttt--cttggagagctatctat---tactggtagaatgttctgtacttggtttttaactaagtgaaattttctatgagcag--------
 | |||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||| ||  ||     ||| |   || |  ||   |  |    |     |||| | |    |  |||| |  ||||| |||      ||          
ATTCAAGTTGATTAAGGAAGTTGGCGATGGGACTTTCGGGAGTGTATGGCGTGCTATAAATAAACAGAATGGTGAAGTTgtatgtatctgaagattgaacttctttggatacattttaactgtgaactctgaa-tgaaatggtaacaacatgaaaatttgctaatgctttaatgtag