1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
ATATCAGAGAACTTATTTCTTTGGAAGATGTGATGGAGGATCTAAAGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTTATGTATTGCATGGAgtatcctttgttttggttacattggcaacttgagaatgttactagctttgtaaaatcaggtcttgaaaagttgttaactttgtgtgtaaaaatagaatcggtacatgatatgttttggattagccttaacttttaatccatag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G12790.4 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
EST: TGGTGCCCTTATGTATTGCATGGA GTATCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTAEST: gi|301501514|gb|HO207054.1|HO207054
genomic: TGGTGCCCTTATGTATTGCATGGAgtatcctttg ... taatccatagGTATCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTA
EST: ATGGAGGATCTAAAGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTTATGTATTGCATGGA GTATCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTA
genomic: ATGGAGGATCTAAAGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTTATGTATTGCATGGAgtatcctttg ... taatccatagGTATCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATTGGAGAACTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATATCAGAGAACTTATTTCTTTGGAAGATGTGATGGAGGATCTAAAGCTTGGTCCTAATGGTGCCCTTATGTATTGCATGGAgtatcctttgttttggttacattggcaacttgagaatgttactagctttgtaaaatcaggtcttgaaaagttgttaactttgtgtgtaaaaatagaatcggtacatgatatgttttggattagccttaacttttaatccatag
- - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA