1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGACAACTGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtcttcttccaaatccagtttacttgtaatgttactcatcttaactgctatgtctgtactgtcttgtttaagtcgtaatcaaaggattcatgac...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G02620.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018455|gb|DR314201.1|DR314201
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018467|gb|DR314213.1|DR314213
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018442|gb|DR314188.1|DR314188
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGNTCCTEST: gi|86018460|gb|DR314206.1|DR314206
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018443|gb|DR314189.1|DR314189
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018454|gb|DR314200.1|DR314200
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018463|gb|DR314209.1|DR314209
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018451|gb|DR314197.1|DR314197
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|125302674|gb|EL316759.1|EL316759
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: ATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018447|gb|DR314193.1|DR314193
genomic: ATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018456|gb|DR314202.1|DR314202
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018466|gb|DR314212.1|DR314212
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018458|gb|DR314204.1|DR314204
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018457|gb|DR314203.1|DR314203
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018461|gb|DR314207.1|DR314207
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|125076220|gb|EL139454.1|EL139454
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: CAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGEST: gi|125110907|gb|EL162638.1|EL162638
genomic: CAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAG
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGEST: gi|86018462|gb|DR314208.1|DR314208
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGG
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018450|gb|DR314196.1|DR314196
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|125243384|gb|EL257469.1|EL257469
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: CGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATTCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCEST: gi|86018444|gb|DR314190.1|DR314190
genomic: CGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagA-TCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCC
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|124751272|gb|EH841402.1|EH841402
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: TCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCTGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTEST: gi|125021840|gb|EL094109.1|EL094109
genomic: TCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTT
EST: GATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGEST: gi|86018453|gb|DR314199.1|DR314199
genomic: GATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAG
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86075878|gb|DR371635.1|DR371635
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018449|gb|DR314195.1|DR314195
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|125131094|gb|EL173921.1|EL173921
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: CAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018464|gb|DR314210.1|DR314210
genomic: CAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018452|gb|DR314198.1|DR314198
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|125198361|gb|EL213315.1|EL213315
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTEST: gi|86018459|gb|DR314205.1|DR314205
genomic: AATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018448|gb|DR314194.1|DR314194
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|47828671|gb|CK118355.1|CK118355
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018445|gb|DR314191.1|DR314191
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|86018465|gb|DR314211.1|DR314211
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTEST: gi|124860660|gb|EH945097.1|EH945097
genomic: AGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
EST: CTATCATTCTTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCEST: gi|125278927|gb|EL293012.1|EL293012
genomic: CTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTC
EST: TTTTAAGCCAATAT ATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
genomic: TTTTAAGCCAATATgtaagtgtct ... atgcttgtagATCGCCAATATGATCCGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGACAACTGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGAATTCTCAGCAAGGGATGATATCGCTATCATTCTTTTAAGCCAATATgtaagtgtcttcttccaaatccagtttacttgtaatgttactcatcttaactgctatgtctgtactgtcttgtttaagtcgtaatcaaaggattcatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatcaaag