Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTGTCCTGCAATGGCCCAGCTTCTCTCCAACACGCTTTATTTCAAGCGGTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgctcctctttttttctccgttatgatgtgactttagaagagggtactttgtgtgatctttagtcttgaatatatccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G60820.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86020231|gb|DR315977.1|DR315977
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATAC
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATAC
EST: gi|86020240|gb|DR315986.1|DR315986
EST:     TTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACTGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTT
genomic: TTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGAC-GAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTT
EST: gi|125073088|gb|EL137548.1|EL137548
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAA-GGGTGTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTG
EST: gi|125083058|gb|EL143757.1|EL143757
EST:     CTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: CTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020242|gb|DR315988.1|DR315988
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020253|gb|DR315999.1|DR315999
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020227|gb|DR315973.1|DR315973
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTG
EST: gi|86020238|gb|DR315984.1|DR315984
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGANNNN
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020249|gb|DR315995.1|DR315995
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAA-GGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAG
EST: gi|86020258|gb|DR316004.1|DR316004
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTT
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTT
EST: gi|86020267|gb|DR316013.1|DR316013
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTT
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagG-AAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTT
EST: gi|86020229|gb|DR315975.1|DR315975
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGG-TGTGTCTTT
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTT
EST: gi|86020239|gb|DR315985.1|DR315985
EST:     TTTTTCCCCTACTATGCSTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACCGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGT
genomic: TTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGAC-GAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGT
EST: gi|86020234|gb|DR315980.1|DR315980
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020255|gb|DR316001.1|DR316001
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTT
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTT
EST: gi|86020245|gb|DR315991.1|DR315991
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020236|gb|DR315982.1|DR315982
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020244|gb|DR315990.1|DR315990
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACG
EST: gi|164212686|gb|ES035291.1|ES035291
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020264|gb|DR316010.1|DR316010
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTT
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTT
EST: gi|86020269|gb|DR316015.1|DR316015
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGGTGTCTTTAC
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTG-TGTCTTTAC
EST: gi|86020233|gb|DR315979.1|DR315979
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTWATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86078317|gb|DR374074.1|DR374074
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020232|gb|DR315978.1|DR315978
EST:     GTTTTTCCCCTACAATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTAC
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTAC
EST: gi|86020268|gb|DR316014.1|DR316014
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTA-TGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGA-G                         GTANAGGGTGTGTCTTTACTTACGA
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGA
EST: gi|86020228|gb|DR315974.1|DR315974
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
EST: gi|86020252|gb|DR315998.1|DR315998
EST:     GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAG                         GAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG
genomic: GTTTTTCCCCTACTATGCCTTTAATGTTCTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGgtaaaatgct ... atatatccagGAAAAGGGTGTGTCTTTACTTACGACGCTGTTGGCTCATACGAGAGAGTTG